结论：针对员工因脑梗出院后无法上班，医疗期已过，给完补偿后想写一份协议的情况，协议应当明确双方的权利义务，特别是关于解除劳动关系、经济补偿、后续事宜处理等关键条款。以下是一份协议的基本框架和要点说明，供您参考。

协议框架及要点：

1. 协议双方信息：

   • 甲方（用人单位）：名称、地址、法定代表人等。
   • 乙方（员工）：姓名、身份证号、住址等。

2. 协议背景及目的：

   • 简要说明乙方因脑梗疾病，经治疗后仍无法继续从事原工作，且医疗期已满。
   • 明确双方经协商一致，决定解除劳动关系，并就相关事宜达成协议。

3. 解除劳动关系：

   • 明确双方同意自协议生效之日起解除劳动关系。
   • 说明解除劳动关系的原因，即乙方因健康原因无法继续工作。

4. 经济补偿：

   • 补偿金额：详细列出甲方应支付给乙方的经济补偿金额，包括但不限于工资、奖金、津贴、补贴、经济补偿金等。补偿金额的计算应依据相关法律法规及公司规章制度，确保合法合规。
   • 支付方式：说明补偿金额的支付方式（如一次性支付或分期支付）及支付时间。
   • 税费处理：明确补偿金额是否含税，以及税费由谁承担。

5. 社会保险及公积金：

   • 说明双方解除劳动关系后，甲方应协助乙方办理社会保险及公积金的转移或停缴手续。
   • 明确乙方应配合甲方提供必要的文件和资料。

6. 保密及竞业限制（如适用）：

   • 若双方有保密协议或竞业限制协议，应在协议中明确相关条款的继续有效或解除。
   • 说明乙方在离职后应遵守的保密义务和竞业限制条款（如有）。

7. 后续事宜处理：

   • 明确乙方离职后，如因原工作产生的任何纠纷或责任，与甲方无关。
   • 说明乙方应归还甲方所有的财物、文件、资料等。
   • 双方可约定其他需要处理的事宜，如职业健康检查、职业病诊断等。

8. 违约责任：

   • 明确双方违反协议约定应承担的责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。

9. 争议解决：

   • 说明双方因执行本协议发生争议时，应首先通过友好协商解决；协商不成时，可提交甲方所在地劳动争议仲裁委员会仲裁或向人民法院提起诉讼。

10. 协议生效及份数：

    • 明确协议自双方签字（或盖章）之日起生效。
    • 说明协议一式几份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

示例条款：

“第四条 经济补偿

1. 甲方同意向乙方支付经济补偿金共计人民币XX元（大写：XX元整），作为对乙方因健康原因无法继续工作的补偿。
2. 上述经济补偿金将于本协议生效之日起XX个工作日内，由甲方一次性支付至乙方指定的银行账户。
3. 乙方确认，上述经济补偿金已包含甲方应支付的所有费用，乙方不得再向甲方主张任何其他费用或补偿。”

注意事项：

• 协议内容应真实、合法、有效，不得违反法律法规的强制性规定。
• 协议双方应充分理解协议内容，并在自愿、平等、公平的基础上签订协议。
• 协议签订后，双方应严格遵守协议约定，履行各自义务。

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