结论：医院以“是否同工同酬”作为是否要求辞职员工赔偿违约金的依据，一般是不合理的，且可能涉嫌违法。具体分析如下：
一、同工同酬是法定权利，与违约金无直接关联
根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条：“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。”这意味着，无论员工是否签订了包含违约金的劳动合同，只要他们从事相同的工作，就应当获得相同的报酬。同工同酬是员工的法定权利，与是否需要支付违约金没有直接的法律联系。
二、违约金支付需满足法定条件
在劳动合同中约定违约金，通常需要满足特定的法定条件。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，违约金主要适用于以下两种情况：
服务期约定：如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与其约定了服务期，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
除了上述两种情况外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果医院仅仅因为员工辞职就要求支付违约金，且该违约金并非基于服务期或竞业限制的约定，那么这种要求是不合法的。
三、医院做法可能涉嫌违法
如果医院以“是否同工同酬”作为是否要求辞职员工赔偿违约金的依据，这实际上是在将同工同酬这一法定权利与违约金支付相挂钩，这种做法不仅缺乏法律依据，还可能涉嫌违法。因为同工同酬是员工的法定权利，不受劳动合同中违约金条款的影响。医院不能因为员工享受了同工同酬的权利就要求其支付违约金。
四、建议与应对措施
审查劳动合同：员工应仔细审查自己的劳动合同，了解其中关于违约金的约定是否合法、合理。如果发现违约金条款存在违法或不合理之处，可以向医院提出异议或寻求法律帮助。
与医院协商：如果员工确实需要辞职，可以尝试与医院进行协商，就违约金问题进行沟通。在协商过程中，员工可以明确表达自己的立场和法律依据，争取达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：如果协商无果或医院坚持要求支付不合理的违约金，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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