结论：公司未与员工签订劳动合同的双倍赔偿，不包含员工已领取的工资部分。双倍工资差额的计算基数通常为员工在用人单位应发而未发的工资，即扣除已支付工资后的差额部分。
详细解释：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这里的“二倍工资”指的是劳动者在正常工作时间内应得的工资的两倍，但其中一倍是劳动者已经实际领取的工资，因此，用人单位实际需要额外支付的，是另一倍的工资差额。
计算方式：
- 双倍工资差额的计算，通常是以劳动者在用人单位应发而未发的工资为基数。也就是说，如果劳动者在某个月份的应发工资为X元，而用人单位已经支付了X元（即劳动者已领取的工资），那么用人单位还需要额外支付X元作为双倍工资的差额。但实际操作中，由于劳动者已经领取了X元的工资，所以用人单位只需再支付X元的差额，而非总共支付2X元（其中X元为已支付工资，X元为差额）。不过，从表述上来说，我们常说“支付双倍工资”，这里的“双倍”是指相对于正常工资而言的额外支付部分，即差额部分，而非指总共支付的金额是正常工资的两倍（因为其中一倍已经支付过了）。
- 计算公式（以月为单位计算差额）：双倍工资差额 = 应发工资 - 已发工资（在未签劳动合同的情况下，已发工资即为正常工资，所以差额等于应发工资，但实际操作中是额外支付与应发工资等额的金额作为赔偿，即再支付一次应发工资的金额，但表述上为“双倍工资差额”是指相对于已发工资的额外部分）= 应发工资（因为已发工资已支付，所以实际再支付的就是应发工资的金额，作为差额赔偿）。但更准确的理解是，用人单位需额外支付与劳动者应得工资等额的金额，即总共支付的是劳动者应得工资的两倍中的“未支付部分”（即另一倍），而劳动者已领取的工资不计入此“未支付部分”的计算中。简言之，就是用人单位需再支付劳动者一个月的工资作为双倍工资的差额（这里的“一个月工资”是指与劳动者应得工资等额的金额）。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，双倍工资差额的计算可能会受到多种因素的影响，如劳动者的实际工作时间、工资构成、加班费等。因此，在计算双倍工资差额时，需要综合考虑这些因素，确保计算结果的准确性。
- 另外，需要注意的是，双倍工资差额的支付是有时间限制的。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在主张双倍工资差额时，需要注意仲裁时效的问题。
建议：
- 如果您作为劳动者，发现用人单位未与您签订劳动合同，并且您希望主张双倍工资差额，建议您及时收集相关证据（如工资条、工作证、考勤记录等），以证明您与用人单位之间存在劳动关系以及您的工资水平。
- 同时，建议您在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 如果您作为用人单位，发现未与员工签订劳动合同，建议您尽快与员工补签劳动合同，并咨询专业律师以了解可能面临的法律责任和风险，以便及时采取措施进行防范和应对。
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