若员工违反工作纪律但公司没有绩效制度，公司不能直接扣除绩效工资，但可根据实际情况采取其他合法合规的管理措施。具体分析如下：

1. 无绩效制度下的工资扣除限制
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在“劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失”时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。若公司无绩效制度，则不存在“扣除绩效工资”的合法依据，直接扣除可能构成克扣工资，员工有权要求补发并主张经济补偿。

2. 替代性管理措施

   • 调整奖金或津贴：若公司设有与工作表现挂钩的奖金、津贴等，可依据规章制度调整发放金额，但需满足以下条件：
     
     • 制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示；
       
     • 明确规定违纪行为与奖金/津贴扣减的对应关系；
       
     • 扣减后工资不低于当地最低工资标准。
       
   • 纪律处分：根据《劳动合同法》第三十九条，公司可对严重违纪员工给予警告、记过、降职、解除劳动合同等处分，但需保留书面证据（如违纪通知、员工签收记录等）。
     
   • 培训或调岗：对轻微违纪员工，可通过培训、调岗等方式督促改正，避免直接扣减收入。

3. 风险提示

   • 制度合法性：若公司临时制定绩效制度用于扣减工资，可能因未履行民主程序或未公示而被认定无效。
     
   • 证据保留：所有管理措施需以书面形式固定（如违纪确认书、处理决定等），否则员工可能否认违纪事实。
     
   • 最低工资保障：即使扣减奖金或津贴，员工实得工资也不得低于当地最低工资标准，否则需补足差额。

建议：公司应优先完善规章制度，明确违纪行为的处理方式（如奖金扣减、纪律处分等），并通过民主程序公示。若已发生无绩效制度下的违纪情况，可与员工协商调整奖金或采取其他合法措施，避免直接扣减工资引发劳动争议。如有具体案例或制度文本需要审查，可进一步向我提供细节。