员工不肯配合休假是否违法，需分情况讨论：

1. 若休假为法定或公司规定且员工无正当理由拒绝：

   • 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，员工享有法定的休息休假权利，如年假、病假、产假等。同时，公司也可能根据自身情况制定休假政策。当这些休假是员工依法或依公司规定应享有的，且员工无正当理由拒绝时，可能构成对劳动纪律的违反。
   • 法律后果：公司有权依据内部规章制度对员工进行相应的处理，如警告、扣减奖金、甚至解除劳动合同（在严重违反劳动纪律的情况下）。但需注意，处理前应确保规章制度合法有效，且已向员工公示或告知。
   • 建议：公司应首先与员工沟通，了解其拒绝休假的原因，并尝试协商解决。若员工无正当理由拒绝，公司可依据规章制度进行处理，但应确保处理过程合法合规。

2. 若休假非法定或公司强制要求且员工拒绝：

   • 法律背景：并非所有休假都是法定的或公司必须提供的。例如，公司可能出于业务需要安排员工加班，并随后安排补休。但若这种补休并非员工依法应享有的，且员工拒绝，则不构成违法。
   • 法律后果：员工有权拒绝非法定的或非其应享有的休假安排。公司不得因此对员工进行不利处理，如扣减工资、解除劳动合同等。
   • 建议：公司应尊重员工的休息休假权利，避免强制安排非法定或非员工应享有的休假。若因业务需要需员工加班，应依法支付加班费或安排补休，并与员工协商一致。

3. 特殊情况下的休假拒绝：

   • 如员工因健康原因无法休假：若员工因健康原因无法按照公司安排休假，且能提供相关医疗证明，则其拒绝休假不构成违法。公司应给予理解和支持，并可能需要根据实际情况调整休假安排。
   • 如公司休假安排不合理：若公司的休假安排存在不合理之处，如时间过长、地点偏远等，导致员工拒绝，则公司应反思并调整休假政策，以确保其合理性和可行性。

总结与建议：

• 员工不肯配合休假是否违法，取决于休假的性质、公司的规定以及员工的拒绝理由。
• 公司应确保休假政策的合法性和合理性，并尊重员工的休息休假权利。
• 在处理员工拒绝休假的情况时，公司应依法依规进行，避免对员工造成不利影响。
• 若遇到复杂情况或争议，建议及时咨询专业律师（即我本人，吕成律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域），以确保处理过程的合法性和合规性。

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