员工不配合主管工作安排，安排其休息并不直接违法，但需满足一定条件，且不能以此为由扣减工资或提供低于法定标准的薪酬。以下从不同角度为您详细分析：

一、企业安排员工休息的合法性

1. 企业有权安排休假：在遵循法律法规和行业规范的前提下，企业有权根据生产、工作的具体情况，统筹安排员工的休假时间，包括年休假、事假等。这种安排应当是合理的，且不得侵犯员工的合法权益。

2. 薪酬支付要求：若企业安排员工休息，必须保证支付给员工的薪酬待遇不低于当地规定的最低工资标准。这是企业的一项法定义务，不得因安排员工休息而免除或降低。

二、员工不配合工作安排的处理

1. 沟通与协商：当员工不配合主管工作安排时，企业应首先尝试与员工进行沟通，了解其不配合的原因，并寻求解决方案。通过协商，双方可以达成一致，避免不必要的纠纷。

2. 合法调岗或培训：如果员工的不配合行为持续存在，且无法通过沟通解决，企业可以考虑对员工进行调岗或提供培训，以帮助其适应工作要求。但调岗必须具有合理性，且不得降低员工的薪资待遇或增加劳动强度。

3. 避免非法操作：企业不得以安排员工休息为由，逃避依法应负担的员工薪酬或支付低于法定最低水平的薪资。这种行为将被视为非法操作，可能面临法律制裁。

三、员工权益保护

1. 要求合理薪酬：如果企业安排员工休息并扣减工资或提供低于法定标准的薪酬，员工有权要求企业重新评估并提供符合实际情况的薪酬待遇。

2. 申请劳动仲裁：若与企业协商无果，员工可以选择向相关劳动争议仲裁机构提出申诉，并根据仲裁裁决结果，要求企业履行其应尽的薪酬支付义务。

四、法律后果

1. 企业违法后果：如果企业违反法律法规，安排员工休息并扣减工资或提供低于法定标准的薪酬，将面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。

2. 员工维权途径：员工可以通过劳动仲裁或法律诉讼等途径维护自身合法权益。在维权过程中，员工应保留相关证据，如工资单、休假通知、沟通记录等，以支持其主张。

建议：作为企业，在安排员工休息时，应确保符合法律法规要求，并保障员工的合法权益。作为员工，如果遇到企业非法安排休息或扣减工资的情况，应及时与企业沟通协商，协商无果时可寻求法律援助或申请劳动仲裁。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。