核心结论：村集体建设性用地无手续建厂房属于违法建设行为，应由县级以上人民政府土地行政主管部门（通常是自然资源局）负责处理，具体处理方式需根据违法情节轻重确定。以下从法律定性、处理主体、处理程序三个角度展开说明：

一、法律定性：无手续建厂房属于违法建设行为

根据《土地管理法》第四十四条、第五十九条及《城乡规划法》第四十一条规定，在集体建设用地上建设厂房必须同时满足两个条件：

1. 土地用途符合乡（镇）土地利用总体规划，且已依法办理集体建设用地使用权审批手续（如《集体建设用地使用证》）；
   
2. 取得乡村建设规划许可证（由乡镇政府核发）。
   

若未取得上述任一手续即擅自建设厂房，属于“未批先建”的违法用地行为，可能同时违反《土地管理法》第七十七条（非法占用土地）和《城乡规划法》第六十五条（未取得规划许可建设）的规定。

二、处理主体：县级以上自然资源部门为主，乡镇政府配合

根据《土地管理法》第七十七条及《城乡规划法》第六十五条，违法建设的查处主体分为两级：

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门（如县自然资源局）：

   • 负责查处非法占用土地行为（如未办理集体建设用地审批手续）；
     
   • 可作出责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款（按非法占用土地面积处每平方米100-1000元）等行政处罚。
     

2. 乡镇人民政府：

   • 在乡、村庄规划区内未取得乡村建设规划许可证建设的，由乡镇政府责令停止建设、限期改正；
     
   • 逾期不改正的，可组织拆除（但需注意：若土地性质涉及基本农田或生态保护红线，乡镇政府无权直接拆除，需报县级政府处理）。
     

实践中：若厂房同时存在“未批土地”和“未批规划”问题，通常由县级自然资源部门牵头查处，乡镇政府配合执行拆除或整改措施。

三、处理程序：从立案到执行的全流程

1. 立案调查：自然资源部门或乡镇政府发现违法线索后，需在7个工作日内立案，并赴现场勘测、调取土地权属证明、询问当事人等；
   
2. 作出处罚决定：根据调查结果，作出《行政处罚决定书》，明确责令退还土地、限期拆除或罚款等具体措施；
   
3. 催告与执行：
   
   • 若当事人拒不履行，行政机关需先催告（期限不少于10日）；
     
   • 逾期仍不履行的，可申请法院强制执行（拆除类处罚必须申请法院执行，罚款可自行强制执行）。
     

特殊情形：若厂房已建成多年且符合补办手续条件（如符合土地利用总体规划、未占用永久基本农田），可按《土地管理法》第六十七条补办审批手续，并缴纳土地有偿使用费。

补充建议：对村集体和建设方的风险提示

1. 村集体责任：若村集体明知未批手续仍出让土地或默许建设，可能被认定为共同违法主体，面临行政处罚甚至刑事责任（如涉嫌非法转让土地使用权罪）；
   
2. 建设方责任：除拆除风险外，若厂房用于生产经营，还可能因“未取得建设工程规划许可证”被认定为违章建筑，导致租赁合同无效、无法办理产权登记等民事后果。
   

建议：若您涉及此类问题，可进一步向我提供厂房建设时间、土地性质（是否涉及基本农田）、是否已投入使用等细节，我将为您分析具体风险及应对方案。