结论：加班迟到是否扣全勤，需依据公司规章制度及劳动合同的具体约定来判断，并非绝对。以下从不同角度为你详细分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 许多公司会在规章制度中明确规定全勤奖的发放条件和扣除情形。如果规章制度中明确指出，无论何种原因（包括加班迟到）的迟到都会扣除全勤奖，那么公司按照此规定执行是合法的。
   • 但规章制度必须合法合规，且需经过民主程序制定并公示或告知员工，否则可能因程序瑕疵而不被法院或仲裁机构认可。

2. 劳动合同的角度：

   • 劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了全勤奖的发放条件和扣除情形，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。
   • 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要参考公司规章制度或行业惯例来判断。

3. 法律法规的角度：

   • 我国劳动法律法规并未直接规定全勤奖的发放和扣除问题，这属于公司自主管理权的范畴。
   • 但公司行使自主管理权时，必须遵守法律法规的强制性规定，如不得克扣员工工资、不得侵犯员工合法权益等。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于员工：首先，应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解全勤奖的发放条件和扣除情形。其次，如果因加班迟到被扣除全勤奖，且认为公司的做法不合理或违法，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 对于公司：在制定规章制度和劳动合同条款时，应明确全勤奖的发放条件和扣除情形，并确保这些规定合法合规。同时，在执行过程中应保持公平公正，避免滥用自主管理权侵犯员工合法权益。

举例说明：假设某公司规章制度中规定：“员工每月迟到超过3次（含3次），无论何种原因，均扣除当月全勤奖。”如果某员工因加班迟到了2次，但其他时间均按时出勤，那么根据该规定，该员工不应被扣除全勤奖。但如果该员工因加班迟到了4次，那么根据规定，公司扣除其全勤奖是合法的。

进一步思考：全勤奖作为公司激励员工按时出勤的一种手段，其发放和扣除应遵循公平、公正、合法的原则。公司在制定相关规定时，应充分考虑员工的实际情况和合理需求，避免过于苛刻或不合理。同时，员工也应自觉遵守公司规章制度和劳动合同约定，按时出勤，共同维护良好的劳动关系。

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