总公司签合同，分公司收款并开发票在特定条件下是合法的。这一行为需要满足一系列法律与税务上的要求，以下是对此问题的详细分析：
一、合法性的核心条件
公司法的支持：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司的授权范围内可以开展业务活动，包括开具发票。这为分公司代总公司收款并开票提供了法律基础。
税法的合规性：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。因此，只要分公司实际参与了合同对应的业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
- 税法并未严格禁止总公司签合同、分公司收款并开票的操作模式，但要求业务必须真实、发票与实际交易相符，避免虚开发票等违法行为。
内部授权与业务真实性：
- 总公司必须向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责合同业务中的收款和发票开具等相关事宜。
- 分公司应实际提供与合同相关的货物或服务，并确保业务的真实性。这是避免虚开发票和税务风险的关键。
税务合规与申报：
- 分公司开具发票后，需按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款，确保税收征管流程的合规性。
- 无论分公司是独立核算还是非独立核算，其纳税义务都应得到妥善处理，避免偷税漏税等违法行为。
二、操作建议与注意事项
明确合同条款：
- 在合同中明确约定由分公司提供服务或产品，并由分公司收款并开具发票。确保合同条款清晰、明确，避免产生歧义或纠纷。
加强内部沟通与管理：
- 总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定和税务规定进行操作。
- 建立完善的内部审批流程和信息共享机制，确保总公司对分公司的业务情况有充分的了解和控制。
遵守税务法规与特殊行业规定：
- 分公司应严格遵守税务法规，确保发票的开具和税款的缴纳合法合规。
- 对于特殊行业（如建筑企业），税法可能有特别规定。总公司应了解并遵守这些规定，确保操作的合规性。
规避法律风险：
- 确保业务真实、发票合规，避免虚开发票等违法行为。
- 做到合同、发票、资金三流一致，以降低税务风险。
- 如遇税务问题或疑问，应及时咨询专业税务机构或律师的意见。
三、特殊情况说明
- 对于建筑企业等特殊行业，税法可能允许总公司与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。这体现了税法对特殊行业的特殊考虑和灵活性。
综上所述，总公司签合同分公司收款并开发票在一定条件下是合法的，但需满足公司法、税法及相关行政法规的严格要求。企业在实际操作中应谨慎行事，确保业务的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性，以规避潜在的法律风险。