停薪留职期间，与用人单位仍然保留劳动关系，因此，在停薪留职期间发生的劳动争议，大多数情况下是可以申请劳动仲裁来维护自身权益的。以下从不同角度为您详细分析：
可以申请劳动仲裁的情况
涉及劳动合同履行：
- 如果停薪留职协议是劳动合同的一部分，或停薪留职期间用人单位违反了相关约定（如未保留职位、擅自解除劳动关系等），您有权依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定申请劳动仲裁，要求用人单位履行约定、恢复劳动关系或给予赔偿。例如，若双方约定停薪留职两年且单位不得无故辞退，但单位在一年内单方面解除劳动关系，您即可申请劳动仲裁。
社保及福利待遇问题：
- 停薪留职期间，若用人单位未按国家规定或约定为您缴纳社保、住房公积金，或剥夺其他法定福利待遇（如年假、病假等），您同样可根据上述法律规定申请劳动仲裁。例如，单位停止为停薪留职员工缴纳社保时，您有权要求单位补缴。
用人单位拖欠或未足额支付相关费用：
- 如双方在停薪留职协议中约定了支付基本生活费或其他费用，而用人单位未按约定支付，您也可申请劳动仲裁。
可能不被受理的情况
政策执行争议：
- 若停薪留职是基于政府政策或文件要求，且争议主要围绕政策的理解和执行，而非单纯的劳动权益纠纷，劳动仲裁委员会可能因这不属于纯粹的劳动争议而不予受理。这种情况下，您可能需要通过行政途径或其他合法方式解决争议。
停薪留职手续不完备：
- 若双方未就停薪留职达成明确的书面协议，且无法通过其他证据充分证明停薪留职的事实和具体内容，劳动仲裁可能因事实不清而难以受理或作出有效裁决。因此，建议您在与用人单位协商停薪留职时，务必签订书面协议并明确各项权利义务。
劳动仲裁的申请与流程
- 申请时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，提起劳动仲裁的一方应在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。超过时效且无不可抗力或其他正当理由的，仲裁委员会将不予受理。
- 申请材料：包括仲裁申请书（详细写明申请人、被申请人信息，仲裁请求及事实和理由）、身份证明、劳动合同、停薪留职协议（如有）、相关证据材料等。
- 仲裁流程：劳动仲裁是解决劳动争议的法定程序，由劳动争议仲裁委员会负责受理。您在申请劳动仲裁前，可尝试与用人单位协商；协商无果后，可向当地劳动保障监察机构投诉举报或直接申请劳动仲裁。仲裁过程包括开庭审理、举证质证、辩论与调解等环节，最终由仲裁庭根据审理查明的事实和法律法规作出裁决。
- 后续诉讼：需要注意的是，绝大多数劳动纠纷需先经过劳动仲裁程序，才能向法院提起劳动诉讼。未经劳动仲裁直接起诉的，法院通常不会受理。若对仲裁裁决不服，您可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
建议：在停薪留职期间，若您与用人单位发生劳动争议，建议首先收集并保存好相关证据材料，如停薪留职协议、工资支付记录、社保缴纳记录等。然后，及时咨询专业律师（即我本人）或当地劳动争议仲裁委员会，了解具体的申请流程和所需材料，以便更好地维护自己的合法权益。