综合工时制和不定时工时制并非企业可以自行规定就有效的，它们需要满足一定的条件并经过相关部门的审批或备案。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制与不定时工时制的定义及适用条件
综合工时制：
- 定义：综合计算工时工作制是指采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
- 适用条件：一般适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的行业的部分职工，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
不定时工时制：
- 定义：不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围，无法按标准工作时间衡量、需机动作业而采取不确定工作时间的一种工时制度。
- 适用条件：一般适用于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工。
二、企业自行规定的效力问题
需要审批或备案：
- 根据相关法律法规，企业实行综合工时制或不定时工时制，并非可以自行决定，而是需要向劳动保障行政部门提出申请，并经过审批或备案后才能实施。未经审批或备案，企业自行规定的工时制度可能被视为无效。
审批或备案的流程：
- 企业应向当地劳动保障行政部门提交实行综合工时制或不定时工时制的申请，并提供相关证明材料，如职工代表大会或工会组织的意见、企业生产经营特点的说明等。
- 劳动保障行政部门在收到申请后，会进行审查，并根据实际情况决定是否批准或备案。
三、法律后果
无效规定的后果：
- 如果企业未经审批或备案自行规定综合工时制或不定时工时制，该规定可能被视为无效。在此情况下，企业应按照标准工时制支付职工工资，并可能面临劳动保障行政部门的处罚。
职工权益保护：
- 职工有权拒绝企业违反法律法规规定的工时制度安排，并可以向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、建议
企业方面：
- 在实行综合工时制或不定时工时制前，应充分了解相关法律法规和政策要求，确保符合审批或备案条件。
- 积极与职工代表大会或工会组织沟通，听取他们的意见和建议，确保工时制度的合理性和可行性。
职工方面：
- 了解自己的权益和义务，对于企业违反法律法规规定的工时制度安排，要敢于说“不”。
- 及时向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结来说，综合工时制和不定时工时制并非企业可以自行规定就有效的，它们需要满足一定的条件并经过相关部门的审批或备案。企业在实行这些工时制度时，应严格遵守法律法规和政策要求，确保职工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。