结论：公司从每年发放13薪变为发放12薪，这一行为是否合法，主要取决于劳动合同、公司规章制度或集体合同中的具体约定，以及这一变更是否经过了合法的程序。以下从不同角度进行详细分析：
劳动合同或公司规章制度有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了每年发放13薪，那么公司单方面变更为发放12薪，就构成了对劳动合同或规章制度的违反。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。因此，公司应当继续按照约定发放13薪，否则劳动者有权要求公司补发差额，并可能依据法律规定要求公司承担相应的法律责任。
劳动合同或公司规章制度未明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中并未明确规定每年发放13薪，而是作为一种额外的福利或奖励进行发放，那么公司变更为发放12薪可能并不构成违法。因为这种情况下，13薪并非劳动者的固定收入，公司有权根据自身的经营状况和财务状况进行调整。但即便如此，公司在做出这样的变更时，也应当与劳动者进行充分的沟通和协商，以维护劳动关系的和谐稳定。
变更程序是否合法：
- 无论劳动合同或公司规章制度中是否有明确约定，如果公司想要变更薪酬制度（包括从13薪变更为12薪），都应当经过合法的程序。这通常包括与工会或职工代表进行协商、制定变更方案、公示或告知劳动者等步骤。如果公司未经合法程序就单方面变更薪酬制度，那么这一变更可能无效，劳动者有权要求公司按照原制度执行。
建议：
- 对于劳动者而言，如果发现公司从13薪变更为12薪，首先应当查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解是否有相关约定。如果有约定且公司违反了约定，劳动者可以与公司进行协商，要求补发差额；如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，如果想要变更薪酬制度，应当提前与劳动者进行充分的沟通和协商，确保变更程序合法合规。同时，公司也应当考虑变更可能对劳动者造成的影响，尽量采取平稳过渡的方式，以维护劳动关系的和谐稳定。
可能后果：
- 如果公司未经合法程序单方面变更薪酬制度，且劳动者因此遭受了损失（如工资减少），劳动者有权要求公司补发差额并可能要求公司承担相应的法律责任（如支付经济补偿金等）。
- 如果劳动者对公司变更薪酬制度的行为不满，可能会引发劳动争议或纠纷，影响公司的正常运营和劳动关系的和谐稳定。
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