结论前置：公司私自扣除员工过年加班补贴，员工是可以申请劳动仲裁的。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

过年期间，如果员工被安排加班，且该加班属于法定休假日（如春节初一、初二、初三），那么公司应当支付不低于工资的百分之三百的加班补贴。如果公司私自扣除这部分补贴，就违反了上述法律规定。

劳动仲裁的适用性

劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式。当员工与用人单位之间因劳动报酬、工作时间、休息休假等事项发生争议时，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在本案例中，公司私自扣除员工过年加班补贴，显然属于劳动报酬方面的争议，因此员工有权申请劳动仲裁。

申请劳动仲裁的流程与注意事项

1. 准备证据：员工在申请劳动仲裁前，应当收集并整理好相关证据，如加班记录、工资条、公司扣除补贴的通知或记录等。这些证据将有助于证明公司存在私自扣除加班补贴的行为。
2. 提交仲裁申请：员工需要向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据。仲裁申请应当明确说明争议的事实、理由和请求。
3. 参与仲裁过程：在仲裁过程中，员工需要积极参与，如实陈述事实，提供证据，并回答仲裁员的提问。
4. 等待仲裁结果：仲裁委员会将在受理仲裁申请后，依法进行审理，并作出裁决。员工需要耐心等待仲裁结果，并根据裁决结果采取相应的行动。

可能的法律后果

如果劳动仲裁委员会认定公司存在私自扣除员工过年加班补贴的行为，那么公司可能需要承担以下法律后果：

1. 补发加班补贴：公司需要按照法律规定，补发员工被扣除的加班补贴。
2. 支付赔偿金：如果公司的行为给员工造成了损失，如影响了员工的正常生活或工作，那么公司可能还需要支付相应的赔偿金。
3. 面临行政处罚：如果公司的行为违反了相关法律法规，劳动行政部门还可能对公司进行行政处罚，如罚款、警告等。

建议：如果你遇到了公司私自扣除过年加班补贴的情况，建议你先与公司进行协商，尝试通过沟通解决问题。如果协商无果，你可以及时向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果你在申请仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。