在行政处罚案件中，若案由发生变更，行政机关原则上应当告知当事人。具体分析如下：

1. 程序正当性要求
   根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十四条、第四十四条的规定，行政机关在作出行政处罚决定前，应当依法履行告知义务，包括告知当事人拟作出的行政处罚内容、事实、理由及依据，并保障当事人的陈述、申辩权。案由作为行政处罚的核心事实要素，其变更可能直接影响当事人的权利义务（如处罚种类、幅度等），因此属于必须告知的范围。

2. 保障当事人知情权与参与权
   案由变更可能涉及对违法行为性质的重新认定（如从“违反市场管理秩序”变更为“危害公共安全”），或对违法情节的调整（如从“一般违法”升级为“情节严重”）。此类变更可能导致处罚结果发生重大变化，若不告知当事人，将剥夺其针对新事实进行陈述、申辩的机会，违反程序正当性原则。

3. 例外情形与实务操作

   • 轻微变更且不影响实质权利：若案由变更仅涉及表述调整（如将“无证经营”改为“未取得许可从事经营活动”），而违法事实、法律依据及处罚结果均未改变，行政机关可结合具体情况决定是否补充告知，但需确保不损害当事人权益。
     
   • 紧急情况或法定例外：在涉及公共安全、重大疫情等紧急情形下，若立即告知可能妨碍执法效率，行政机关可先采取临时措施，但应在事后及时补正告知程序。

4. 未告知的法律后果
   若行政机关未依法告知案由变更，可能构成程序违法，导致行政处罚决定被撤销或确认无效（《行政处罚法》第七十六条）。当事人可据此申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销处罚决定。

建议：若您作为当事人遇到案由变更未被告知的情况，可要求行政机关出具书面说明，并保留相关证据（如处罚通知书、沟通记录等）。如对处罚决定有异议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护权益。