结论：公司员工给公司造成重大损失且已离职，一般情况下不能直接拿工资抵扣，但存在特定情形和程序要求下可能实现部分抵扣或追偿。以下从不同角度详细分析：
一、工资与损失赔偿的性质差异
工资是员工基于劳动合同约定，为公司提供劳动后应得的报酬，属于劳动报酬范畴，受《劳动法》《劳动合同法》等法律法规的严格保护。而员工因故意或重大过失给公司造成的损失，属于侵权或违约责任范畴，公司有权要求员工赔偿。但工资与损失赔偿是两种不同性质的法律关系，不能直接相互抵扣。
二、特定情形下的工资抵扣可能性
尽管一般情况下不能直接抵扣，但在以下特定情形下，公司可能通过合法程序实现部分工资抵扣或追偿：
双方协商一致：
- 如果员工在离职时与公司就损失赔偿达成一致，并同意从工资中扣除部分或全部赔偿金额，且该协议不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），则这种抵扣是合法的。
公司规章制度或劳动合同约定：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工因故意或重大过失造成损失时，公司有权从工资中扣除赔偿金额，且该规定或约定经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并公示或告知员工，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这种抵扣在程序上可能是合法的。但实际操作中，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
法律程序追偿：
- 如果员工不同意抵扣，公司可以通过法律途径（如劳动仲裁、诉讼等）要求员工赔偿损失。在获得生效法律文书后，公司可以申请强制执行，此时员工的财产（包括工资收入）可能被依法查封、扣押或冻结以用于赔偿。但这并不意味着公司可以直接从员工未发放的工资中扣除赔偿金额，而是需要通过法院的执行程序来实现。
三、操作建议与风险提示
完善公司规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确员工因故意或重大过失造成损失时的赔偿责任和赔偿方式，并确保这些规定经过了民主程序制定并公示或告知员工。
签订书面协议：
- 在员工离职时，如果双方就损失赔偿达成一致，应签订书面协议明确赔偿金额、支付方式等条款，以避免后续纠纷。
遵守法律法规：
- 公司在扣除员工工资或追偿损失时，必须严格遵守《劳动法》《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，并避免侵犯员工的合法权益。
及时寻求法律帮助：
- 如果公司面临员工造成重大损失且难以追偿的情况，应及时咨询专业律师或法律机构，了解具体的法律程序和操作要点，以确保公司的合法权益得到有效维护。
示例说明：假设某员工因重大过失导致公司损失10万元，双方协商一致同意从员工未发放的3万元工资中扣除2万元作为赔偿，并签订了书面协议。在这种情况下，公司可以按照协议约定从员工工资中扣除2万元作为赔偿，但剩余的1万元赔偿仍需通过其他方式（如员工个人财产、后续工资等）进行追偿。如果员工不同意抵扣或公司规章制度中未明确相关规定，则公司需要通过法律途径来追偿损失。
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