当员工给公司造成经济损失时，公司在特定条件下确实可以扣除其工资作为赔偿，但这一行为必须严格遵守法律规定和限制。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位有权要求劳动者赔偿，并可从其工资中扣除赔偿金。但这一权利的行使并非无限制，而是受到法律的严格约束。
二、具体条件与限制
明确的因果关系：
- 公司必须能够证明存在实际的经济损失，并且该损失是由员工的个人行为直接导致的。例如，员工因重大过失导致设备损坏、客户流失或泄露商业秘密等，由此产生的费用可视为公司的经济损失。
合同或规章制度的明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定员工给公司造成损失时的赔偿责任和方式。
- 或者，公司的规章制度中应有清晰、合理的规定，且该规章制度需经过合法程序制定并向劳动者公示或告知。这确保了员工在入职时即知晓并同意在造成损失时可能面临的赔偿责任。
扣除比例和金额限制：
- 公司每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司应按最低工资标准支付。这一规定旨在保护员工的合法权益，避免公司过度扣除工资导致员工生活困难。
三、特殊情况与处理
- 轻微过失或无明确规定：如果员工只是因一般的工作失误造成轻微损失，且公司没有相应的明确规定，公司则不能随意扣除工资。此时，公司应通过加强培训、改进工作流程等方式来预防类似损失的发生。
- 非工作相关损失：如果损失是由员工在工作以外的行为造成的，公司无权从工资中扣除赔偿金。因为员工的非工作行为与公司无直接关联，公司不应承担由此产生的损失。
- 员工权益保护：在任何情况下，公司都应尊重员工的合法权益。如果员工认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
四、实际操作建议
- 优先协商解决：在员工造成损失后，公司应首先与员工进行沟通协商，确定赔偿方案。这有助于维护良好的劳动关系，避免直接扣款引发劳动纠纷。
- 保留证据链：公司需保存损失证明（如维修记录、客户索赔函）、责任认定材料（如事故报告）及扣款依据（如工资单）等证据，以应对潜在争议。
- 合理确定赔偿金额：在确定赔偿金额时，公司应考虑员工的实际经济状况和承受能力，避免过度索赔导致员工生活困难。
综上所述，公司在员工造成损失时扣除工资必须遵循严格的法律规定和限制。这包括确保损失的明确性、与员工行为的直接因果关系、合同或规章制度的明确约定以及扣除比例和金额的合法性。同时，公司也应尊重员工的合法权益，通过合理、合法的方式处理赔偿问题。