公司扣押离职员工工资在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》：
- 这两部法律明确规定，只要劳动者提供了正常劳动，雇主就必须按照劳动合同的约定支付工资。劳动者离职时，若未违反劳动合同条款，雇主不得无故扣减工资。
《工资支付暂行规定》：
- 该规定强调，工资必须在约定的日期支付，且至少每月支付一次。劳动关系解除或终止时，用人单位应一次性付清劳动者工资。
《劳动保障监察条例》：
- 根据此条例，用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资，将由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能面临加付赔偿金的责任。
二、合法扣发工资的情形
尽管一般情况下扣押工资是违法的，但以下特定情形下，用人单位可以合法扣发：
代扣代缴费用：
- 如个人所得税、社会保险费用等，这是法律规定的用人单位义务。
赔偿扣除：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且劳动合同中有相关约定，用人单位可按要求从工资中扣除赔偿。但每月扣除额不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
违反规章制度或服务期、竞业限制约定：
- 若员工严重违反了用人单位的规章制度，如劳动纪律、商业秘密保护规定等，且这些规章制度已经过法定程序制定并公示，用人单位可根据规定扣除相应工资作为处罚。
- 若用人单位为劳动者提供了专项培训费用并与其约定了服务期，而劳动者违反该约定离职，需按照约定支付违约金。同样，若劳动者违反了竞业限制约定，也需支付违约金。但这些扣除均需有明确的合同约定，并且不得违反法律法规的强制性规定。
三、维权途径
若公司无正当理由扣留离职员工工资，员工可采取以下步骤维护权益：
协商：
- 首先尝试与公司沟通，寻求和解，要求公司支付被扣留的工资。
投诉：
- 向当地劳动监察部门投诉，由其对用人单位进行监督和责令改正。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并要求其限期支付工资。
劳动仲裁：
- 若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁委员会将依法审理案件，并作出裁决，要求用人单位支付被扣留的工资及相应赔偿。
诉讼：
- 对仲裁结果不满的，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。通过司法程序解决争议，维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
了解自身权益：
- 员工应熟悉相关法律法规，了解自己的工资权益和用人单位的义务。这样，在遭遇工资被扣留时，能够迅速识别并采取措施维护自己的权益。
保留证据：
- 在发现工资被违法扣除时，应及时保留相关证据，如工资条、银行流水、劳动合同等。这些证据将有助于证明用人单位的违法行为，并在维权过程中发挥重要作用。
及时维权：
- 一旦发现工资被扣留，应尽快采取行动维护自己的权益。拖延时间可能会导致证据丢失或维权难度增加。
综上所述，公司扣押离职员工工资的行为在大多数情况下是非法的。员工应了解自己的合法权益，并在遭遇此类情况时积极通过法律途径维权。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，确保按时足额支付劳动者工资，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。