公司由底薪制变成承包制是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法变更的情况
双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。” 如果公司与员工就薪酬制度从底薪制变更为承包制进行了充分协商，并达成了书面一致意见，那么这种变更是合法的。
符合法定程序：
- 除了双方协商一致外，公司还需要确保变更过程符合法定程序，比如提前通知员工、进行必要的解释和说明等。如果公司能够证明变更过程合法合规，且员工没有提出异议或已经接受了变更，那么这种变更也是合法的。
二、可能违法的情况
未协商一致：
- 如果公司未经员工同意，单方面决定将薪酬制度从底薪制变更为承包制，这可能构成违法变更劳动合同。员工有权拒绝这种变更，并可以要求公司继续履行原劳动合同或寻求法律救济。
变更内容违法：
- 即使双方协商一致，如果变更后的承包制薪酬制度违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工作时间限制等），那么这种变更也是违法的。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司纠正违法行为。
未履行告知义务：
- 公司在变更薪酬制度前，应当向员工充分说明变更的原因、内容、影响等，并听取员工的意见和建议。如果公司未履行这一告知义务，导致员工对变更内容不知情或产生误解，那么这种变更可能因程序不合法而无效。
三、法律建议
对于公司：
- 在变更薪酬制度前，务必与员工进行充分协商，并达成书面一致意见。
- 确保变更内容符合法律法规的强制性规定，避免违法风险。
- 履行告知义务，向员工充分说明变更的原因、内容、影响等，并听取员工的意见和建议。
对于员工：
- 如果公司提出变更薪酬制度，要仔细了解变更内容，并与公司进行充分协商。
- 如果认为变更内容违法或不合理，可以拒绝变更，并要求公司继续履行原劳动合同。
- 如果公司坚持违法变更，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，公司由底薪制变成承包制是否合法，取决于双方是否协商一致、变更内容是否合法以及是否履行了法定程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。