公司非法利益被员工占有的，公司确实有权追回。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律基础与原则

1. 不当得利返还原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果员工占有的利益属于公司的不当得利（即没有法律上的原因而获得的利益），公司有权要求员工返还。这是基于公平和正义的原则，防止一方从另一方的损失中不当获益。

2. 职务侵占或贪污的刑事责任：

   • 如果员工通过职务之便，非法占有公司财物，且数额较大，可能构成职务侵占罪或贪污罪（如果是国家工作人员）。在这种情况下，公司不仅可以要求员工返还财物，还可以向公安机关报案，追究员工的刑事责任。

二、具体情形与应对措施

1. 员工非法占有公司财物：

   • 如果员工直接非法占有了公司的财物，如现金、物品等，公司应首先与员工沟通，要求其返还。如果员工拒绝返还，公司可以通过法律途径，如提起民事诉讼或向公安机关报案，来维护自己的权益。

2. 员工通过不正当手段获取公司利益：

   • 如果员工通过不正当手段，如虚报费用、挪用资金等，获取了公司的利益，公司应首先进行内部调查，收集证据。然后，可以与员工协商解决，或者通过法律途径追回损失。在这种情况下，公司可能需要借助专业的审计或法律服务来确保自己的权益得到充分保护。

三、法律程序与注意事项

1. 收集证据：

   • 在追回非法利益的过程中，公司应注重收集证据，如员工非法占有的财物清单、相关交易记录、证人证言等。这些证据将有助于公司在法律程序中证明自己的权益。

2. 法律程序的选择：

   • 公司可以根据具体情况选择适当的法律程序来追回非法利益。如果涉及金额较小，且员工愿意配合，公司可以选择通过协商或调解来解决。如果涉及金额较大，或员工拒绝配合，公司则可能需要通过民事诉讼或刑事报案来维护自己的权益。

3. 遵守法律程序：

   • 在追回非法利益的过程中，公司应严格遵守法律程序，不得采取非法手段来迫使员工返还财物。否则，公司可能会面临法律责任，如侵犯员工权益、非法拘禁等。

四、预防与合规建议

1. 加强内部管理：

   • 公司应加强内部管理，建立健全的财务制度和审计机制，防止员工非法占有公司财物或通过不正当手段获取公司利益。

2. 提高员工法律意识：

   • 公司应定期对员工进行法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，减少非法行为的发生。

3. 建立举报机制：

   • 公司可以建立举报机制，鼓励员工举报非法行为，以便公司及时发现并处理问题。

总结与建议：公司非法利益被员工占有的，公司确实有权追回。在追回过程中，公司应注重收集证据、选择合适的法律程序，并严格遵守法律程序。同时，公司也应加强内部管理、提高员工法律意识，并建立举报机制，以预防类似问题的再次发生。如果您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。