公司一般无权直接追回员工已退给客户的款项，但具体情形需结合款项性质、退还时间及公司内部规定等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 款项性质与职务侵占罪的构成

• 职务侵占罪的核心：员工利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大。若员工已将侵占款项退还客户，需区分款项是否仍属于公司财产。
  • 若款项本应归公司所有（如客户预付的货款、服务费等），员工侵占后退还客户，公司有权要求员工赔偿损失（因员工行为导致公司财产减少）。但公司无权直接从客户处追回款项，因客户已合法取得退款。
  • 若款项属于客户自有资金（如员工误将客户资金转入自己账户后返还），公司无权追回，因资金从未属于公司。

2. 退还时间与刑事责任的影响

• 退还时间的关键性：
  • 案发前退还：若员工在职务侵占罪立案前主动退还，可能作为量刑情节（如从轻或减轻处罚），但不影响公司对员工民事赔偿的追索权。
  • 案发后退还：若员工在立案后退还，仍需承担刑事责任，但退还行为可能影响最终量刑。公司仍可要求员工赔偿剩余损失（如有）。

3. 公司内部规定与合同约定

• 公司规章制度：若公司规定员工不得侵占公司财产，且明确退还后需赔偿公司损失（如因退还导致的客户流失、手续费损失等），员工需遵守规定。
• 劳动合同约定：若劳动合同中约定员工侵占财产需赔偿公司全部损失，公司可依据合同主张权利。

4. 客户权益的保护

• 客户无过错原则：若客户合法取得退款（如员工主动退还或法院判决退还），客户无需返还款项。公司不得以“追回”为由干扰客户正常权益。

5. 实务建议

• 公司角度：
  1. 立即固定员工侵占证据（如转账记录、聊天记录等）。
  2. 评估损失金额，决定是否报警或提起民事诉讼。
  3. 若员工已退还客户，可要求员工赔偿公司因侵占行为导致的直接损失（如利息、手续费等）。
• 员工角度：
  1. 主动退还侵占款项，争取从宽处理。
  2. 配合公司调查，避免刑事责任升级。
  3. 若公司要求赔偿不合理，可协商或通过法律途径解决。

6. 法律后果提示

• 刑事责任：职务侵占罪数额较大的，处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑。
• 民事责任：公司可要求员工赔偿全部损失（包括直接损失和间接损失，如商誉损害等）。

总结：公司无权直接追回员工已退给客户的款项，但可要求员工赔偿公司因侵占行为导致的损失。具体操作需结合款项性质、退还时间及合同约定等因素。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细方案。