在职务侵占罪案件中，当事人若能退出其侵占的公司款项，这一行为在法律处理上具有重要意义，具体处理方式如下：

1. 刑事责任层面：

   • 量刑考虑：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，职务侵占罪的量刑主要依据侵占的数额大小。若当事人在案发后能够积极退赃，即退出其侵占的公司款项，这通常会被视为悔罪表现，法院在量刑时会予以考虑，并可能酌情从轻处罚。这是因为退赃行为减少了公司因职务侵占行为所遭受的损失，体现了犯罪嫌疑人的悔过态度。
   • 退赃程序：退赃应通过合法途径进行，如将款项直接退还给公司，或通过公安机关、检察机关等司法机关进行退还。退赃时，应保留好相关证据，如退赃凭证、收据等，以备后续法律程序使用。

2. 民事责任层面：

   • 赔偿义务：除了刑事责任外，职务侵占行为还可能构成对公司财产的侵权，因此当事人还可能承担民事赔偿责任。退赃行为在民事上可以视为对侵权行为的补救，有助于减少或免除民事赔偿的责任。
   • 公司追偿：若公司因职务侵占行为遭受了损失，且当事人未完全退赃或退赃不足以弥补损失，公司仍有权通过民事诉讼等方式向当事人追偿剩余损失。

3. 处理建议：

   • 及时退赃：一旦发现职务侵占行为，当事人应尽快与公司沟通，并积极退赃，以体现悔罪态度并减少损失。
   • 配合调查：在退赃的同时，当事人应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据，以争取从轻或减轻处罚。
   • 寻求法律帮助：由于职务侵占罪涉及复杂的法律问题，当事人在处理此类案件时应寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到保障。