针对“侵占公司非法利益怎么处理”这一问题，核心要点在于明确侵占行为的法律性质及相应的处理措施。以下从不同角度进行详细分析：

1. 法律定性角度
   侵占公司非法利益可能涉及两种法律定性：

   • 若侵占的是公司通过合法手段获取但未依法分配的利益（如隐瞒利润、私设小金库），可能构成职务侵占罪或挪用资金罪，具体取决于行为方式（是否永久占有/暂时使用）及金额标准。
     
   • 若侵占的是公司通过非法手段获取的利益（如行贿所得、偷逃税款），则可能同时涉及掩饰、隐瞒犯罪所得罪，此时需区分行为人是主动参与非法利益获取还是事后侵占。

2. 处理措施角度

   • 刑事追责：
     根据《刑法》第271条（职务侵占罪），侵占公司财物数额较大的（6万元以上），处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大的（100万元以上），处三年以上十年以下有期徒刑。若涉及国家工作人员利用职务便利，则可能构成贪污罪。
     操作建议：公司应立即固定证据（如财务记录、转账凭证、证人证言），向公安机关经侦部门报案，并同步向检察院申请立案监督。

   • 民事追偿：
     无论是否构成犯罪，公司均可通过民事诉讼要求行为人返还侵占财产及孳息。根据《民法典》第122条，因他人没有法律根据取得不当利益，受损失的人有权请求其返还。
     操作建议：起诉时需提交侵占事实证据（如审计报告、资金流向图）及损失计算依据，可同时申请财产保全防止转移资产。

   • 行政处罚：
     若侵占行为伴随违反《公司法》《会计法》等规定（如虚假出资、抽逃出资），市场监管部门可处以罚款、吊销营业执照等处罚。
     操作建议：公司应主动向市场监管部门举报，并配合调查提供账目资料。

3. 风险防范角度

   • 事前预防：完善公司财务制度（如实行双人经手制、定期审计），对关键岗位人员签订廉洁承诺书并设置举报渠道。
     
   • 事中控制：发现异常资金流动时立即暂停支付，通过银行调取流水分析资金去向，必要时委托会计师事务所进行专项审计。
     
   • 事后救济：在刑事立案前可尝试通过协商要求返还，但需注意避免“私了”导致证据灭失；若行为人已离职，可向其新单位发送律师函主张权利。

特别提醒：处理此类案件需严格区分“公司合法利益”与“非法利益”。若公司本身存在违法经营行为，侵占人可能以“公司无权主张非法利益”进行抗辩，此时需先通过行政程序或刑事自诉确认公司对争议财产的合法性，再主张返还。如有具体案情需要分析，可直接向我咨询。