招标结束后，仍然可以质疑招标文件的合法性，但具体情形和程序需根据相关法律法规及招标文件的规定来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
- 招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。
- 投标人或者其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定的，有权向招标人提出异议或者依法向有关行政监督部门投诉。
质疑的合法性基础：
- 质疑招标文件的合法性，是投标人或其他利害关系人维护自身权益的一种方式。
- 只要质疑的内容符合法律法规的规定，且质疑的程序合法，那么这种质疑就是有效的。
二、质疑的时间与程序
质疑时间：
- 一般来说，质疑应在招标文件规定的质疑期内提出。但招标结束后，如果投标人或其他利害关系人发现了招标文件中的违法问题，仍然有权提出质疑。
- 需要注意的是，如果招标文件或相关法律法规规定了质疑的截止时间，那么超过这个时间提出的质疑可能不会被受理。
质疑程序：
- 质疑人应首先向招标人提出书面质疑，说明质疑的理由和依据。
- 招标人应在收到质疑后，按照招标文件或相关法律法规的规定进行答复。
- 如果质疑人对招标人的答复不满意，或者招标人未在规定时间内答复，质疑人可以依法向有关行政监督部门投诉。
三、质疑的内容与范围
质疑内容：
- 质疑人可以针对招标文件的合法性、合规性、合理性等方面提出质疑。
- 例如，质疑招标文件中的资格要求、评标标准、合同条款等是否违反法律法规的规定。
质疑范围：
- 质疑的范围应限于招标文件的内容，以及与招标文件相关的招标投标活动。
- 质疑人不得对与招标文件无关的事项提出质疑。
四、法律后果与风险
法律后果：
- 如果质疑成立，招标人可能需要修改招标文件、重新招标或者采取其他补救措施。
- 如果质疑不成立，质疑人可能需要承担因质疑而给招标人或其他利害关系人造成的损失。
风险防范：
- 质疑人在提出质疑前，应充分收集证据，确保质疑的理由和依据充分、合理。
- 质疑人应按照规定的程序和要求提出质疑，避免因程序不当而导致质疑无效。
五、实际操作建议
及时关注招标文件：
- 投标人或其他利害关系人应在招标文件发布后，及时仔细阅读招标文件，了解其中的各项要求和规定。
积极收集证据：
- 如果发现招标文件存在违法问题，应积极收集相关证据，为提出质疑做好准备。
依法提出质疑：
- 按照规定的程序和要求，及时向招标人提出书面质疑，并说明质疑的理由和依据。
寻求专业帮助：
- 如果对质疑的程序或内容有疑问，可以寻求专业律师或相关机构的帮助，确保质疑的合法性和有效性。
总结来说，招标结束后仍然可以质疑招标文件的合法性，但需注意质疑的时间、程序、内容和范围。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和支持。