招标合同公示后，在特定条件下仍然可以提出质疑或投诉，但需注意时效性和证据收集的问题。以下是对此问题的详细分析：
一、公示期后质疑或投诉的法律依据
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第六十条：
- 投标人或其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定的，可以自知道或应当知道之日起10日内向有关行政监督部门投诉。投诉时，需提交明确的请求和必要的证明材料。
- 若投诉事项涉及本条例第二十二条、第四十四条、第五十四条的规定，应当先向招标人提出异议，异议答复期间不计算在前款规定的期限内。
《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法（2013年修订本）》第七条：
- 投诉人投诉时，需提交投诉书，包括投诉人的名称、地址及有效联系方式，被投诉人的名称、地址及有效联系方式，投诉事项的基本事实，相关请求及主张，以及有效线索和相关证明材料。
- 对招标投标法实施条例规定应先提出异议的事项进行投诉的，应当附提出异议的证明文件。
二、公示期后质疑或投诉的可行情况
存在违法违规的实质性问题：
- 若招标过程中存在严重的违法违规行为，如招标人、招标代理机构与投标人串通损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，即使公示期已过，相关利害关系人仍有权提出投诉。
新证据的发现：
- 公示期结束后，如发现新的证据能证明招标过程存在违法违规行为，仍可进行投诉。新证据若符合要求，则投诉有效。
三、公示期后质疑或投诉的难度增加情况
证据收集和时效性问题：
- 随着时间的推移，证据可能更难收集，关键证人可能难以找到，文件资料可能被销毁或篡改。同时，行政监督部门在调查时也可能因时间间隔长而难以还原真相，从而影响投诉结果。
- 超过投诉时效的投诉将不予受理。根据《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法（2013年修订本）》第十二条，超过投诉时效的投诉，行政监督部门将不予受理。
投诉内容的合理性：
- 投诉事项需具体且提供有效线索，难以查证的投诉事项可能不被受理。同时，投诉书需署具投诉人真实姓名、签字和有效联系方式，以法人名义投诉的，投诉书需经法定代表人签字并加盖公章。
四、建议措施
及时行动：
- 若发现招标过程存在违法违规行为或新证据，应尽快采取行动，以免错过投诉时效。
准备充分证据：
- 投诉时必须提交明确的请求和必要的证明材料，因此应尽可能收集全面、有力的证据来支持投诉主张。
遵循法律程序：
- 在提出投诉前，应仔细研究相关法律法规和招标文件，确保投诉内容合法合规，并按照规定的程序进行投诉。
举例说明：假设某招标项目在公示期结束后，有投标人发现中标方与招标人存在串通行为，且掌握了相关证据。此时，该投标人可以在自知道或应当知道之日起10日内向有关行政监督部门提出投诉，并提交明确的请求和必要的证明材料。若投诉内容属实且证据充分，行政监督部门将依法进行处理。
总结来说，招标合同公示后虽然提出质疑的窗口通常已关闭，但在特定条件下（如存在违法违规行为或新证据发现）仍然可以提出投诉。然而，由于证据收集和时效性的问题，投诉的难度和成功率可能会受到影响。因此，建议相关利害关系人在发现违法违规行为或新证据时，及时采取行动并准备充分证据以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。