针对您提出的“在A公司上班但在B公司缴纳社保是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法和社保法规的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性分析
一般原则：
- 社保的缴纳主体通常应与劳动关系主体一致。也就是说，您在哪里工作，通常就应该由那个单位为您缴纳社保。
特殊情况下的合法性：
- 委托代缴协议：如果A公司与B公司之间存在合法的委托代缴协议，并且该协议符合相关法律法规和政策规定，同时您作为劳动者也明确同意这种安排，那么这种做法在形式上可能是合法的。但这种情况相对较少，且需要严格的法律条件和程序。
- 关联公司或劳务派遣：如果A公司和B公司是关联公司，或者存在劳务派遣等合法的合作关系，并且这种操作符合当地法律法规的规定，那么您在A公司工作但在B公司缴纳社保也可能是合法的。
违法风险：
- 如果缺乏明确的法律关系或合作协议，或者违反当地法律法规，这种做法可能非法。它可能导致您在享受购房、落户、子女上学等政策时遇到障碍，或者因B公司管理不善、资金问题导致社保未能按时足额缴纳，进而影响您的社保待遇。
二、具体建议
了解清楚情况：
- 首先，您需要了解A公司和B公司之间的关系，以及他们之间是否存在合法的委托代缴协议或合作关系。
- 其次，您需要确认自己是否明确同意这种社保缴纳方式，并了解相关的法律后果。
咨询专业人士：
- 如果您对这种情况存在疑虑或不确定，建议咨询专业的法律人士或劳动监察部门。他们可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供更准确的法律意见。
保护自身权益：
- 如果您发现这种社保缴纳方式存在违法风险或损害了您的权益，您可以先与A公司协商解决。
- 如果协商不成，您可以向劳动监察部门、社保部门或公积金管理中心投诉，也可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
三、总结
在A公司上班但在B公司缴纳社保的合法性取决于多种因素，包括A公司与B公司之间的关系、是否存在合法的委托代缴协议或合作关系以及您是否明确同意等。为了确保自己的权益得到妥善保护，建议您在遇到此类情况时务必了解清楚相关情况，并咨询专业的法律人士或劳动监察部门。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，确保社保的缴纳符合规定，避免潜在的法律风险。