在股东代表诉讼中要求确认公司所签协议无效时，管辖法院的确定需结合协议性质、争议类型及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 优先适用协议中的管辖条款

• 若协议本身包含有效的仲裁条款或管辖法院约定（如“由甲方所在地法院管辖”），则需按约定处理：
  • 仲裁条款：直接排除法院管辖，需向约定的仲裁机构申请仲裁；
  • 法院管辖约定：需符合《民事诉讼法》第35条（现第36条）规定，即约定与争议有实际联系的地点法院管辖（如合同履行地、签订地、标的物所在地等）。若约定合法有效，则由约定法院管辖。

2. 无协议管辖条款时的法定管辖规则

若协议未约定管辖或约定无效，则适用法定管辖规则，需分情况讨论：

• 协议性质为合同纠纷：
  • 被告住所地：以公司（被告）住所地法院管辖；
  • 合同履行地：若争议标的为给付货币，接收货币一方所在地为合同履行地；若为交付不动产，不动产所在地为履行地；其他标的以履行义务一方所在地为履行地。
• 协议涉及公司决议效力争议：
  • 若诉讼本质是挑战公司决议（如决议程序违法、内容损害公司利益），可能适用《公司法》及相关司法解释中关于公司决议纠纷的管辖规则，通常由被告住所地或公司住所地法院管辖。
• 协议涉及侵权纠纷：
  • 若股东主张协议因欺诈、胁迫等导致公司利益受损，可能构成侵权纠纷，适用《民事诉讼法》第29条（现第30条），由侵权行为地（如协议签订地、履行地）或被告住所地法院管辖。

3. 股东代表诉讼的特殊性

• 股东代表诉讼中，公司虽为名义被告，但实际争议可能涉及第三方（如协议相对方）。此时需注意：
  • 若第三方为共同被告，可依据《民事诉讼法》第22条（现第23条）选择公司住所地或第三方住所地法院管辖；
  • 若仅起诉公司，则以公司住所地为管辖法院，但需在诉讼中追加协议相对方为第三人。

4. 实务建议

• 审查协议文本：优先确认是否存在管辖条款，并评估其有效性；
• 明确争议性质：区分合同纠纷、公司决议纠纷或侵权纠纷，以选择对应管辖规则；
• 考虑诉讼策略：若协议相对方住所地更有利于诉讼，可尝试通过追加被告或第三人方式争取管辖权。

总结：管辖法院的确定需以协议约定为先，无约定时结合争议性质和法定规则综合判断。若涉及复杂协议或跨地域因素，建议提供协议文本及争议细节，以便进一步分析。