结论：在工程未竣工但发包人已占用，且初次验收不合格，经整改后验收合格的情况下，验收时间一般应从整改后验收合格之日起算。
详细分析：
工程验收的基本原则：
- 工程验收是确认工程质量是否符合合同约定和相关标准的重要环节。通常，验收应在工程全部完成并达到合同约定的条件后进行。
- 如果工程未竣工但发包人已擅自占用，这并不改变工程验收的基本原则。即，验收仍应以工程实际达到合格状态的时间为准。
初次验收不合格与整改：
- 初次验收不合格意味着工程在某一或某些方面未达到合同约定的标准或要求。
- 整改是承包人根据验收意见对工程进行修正和完善的过程。整改完成后，应重新进行验收。
验收时间的确定：
- 在初次验收不合格后，如果承包人进行了整改并达到了合格标准，那么验收时间应以整改后验收合格之日起算。
- 这是因为，只有整改后的工程才真正符合合同约定的验收条件，此时进行验收才能准确反映工程的质量状况。
相关法律依据：
- 虽然具体的法律条款可能因地区和合同类型而异，但一般而言，工程验收应遵循诚实信用、公平合理等原则。
- 在实践中，如果合同中有明确约定验收时间的计算方式，应优先遵循合同约定。如果合同没有约定或约定不明，则应根据工程实际情况和行业惯例来确定。
可能存在的争议点：
- 发包人可能会主张以初次验收时间作为验收时间，以试图缩短工期或减少支付工程款的时间。然而，这种主张通常缺乏法律依据，因为初次验收并不代表工程已真正达到合格状态。
- 如果双方对验收时间存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，应充分考虑工程实际情况、合同约定以及行业惯例等因素。
建议：
- 对于承包人而言，在整改完成后应及时通知发包人进行验收，并保留好相关证据（如整改记录、验收报告等），以证明工程已达到合格状态。
- 对于发包人而言，应积极配合承包人进行验收工作，并在验收合格后及时支付工程款。如果对验收结果有异议，应及时提出并协商解决。
- 如果双方对验收时间存在争议且无法协商解决，建议寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。
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