在劳动仲裁中，工资认定一般是以实际发放为准，但合同约定也是重要的参考依据，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 以实际发放为准的情况

   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这里的“支付”强调的是实际履行行为，即实际发放到劳动者手中的工资数额。
   • 实际案例：在劳动仲裁实践中，如果劳动者能提供银行流水、工资条等证据证明实际发放的工资数额与合同约定不符，且用人单位无法提供合理理由说明差异原因的，仲裁机构通常会以实际发放的工资数额作为认定标准。例如，合同约定月工资为5000元，但实际每月只发放4000元，且用人单位无法证明扣减的1000元是合法扣减（如罚款、代扣社保等超出法定范围的部分），则仲裁机构会认定月工资为4000元。

2. 以合同约定为准的情况

   • 特殊情形：在某些特殊情况下，如用人单位能证明实际发放的工资中包含了非工资性收入（如奖金、津贴等，且这些收入并非每月固定发放），或者劳动者与用人单位在合同中明确约定了工资构成及调整机制，且该约定不违反法律法规的强制性规定的，仲裁机构可能会以合同约定为准。例如，合同约定月工资由基本工资3000元和绩效工资2000元组成，绩效工资根据工作表现发放。如果某月劳动者因工作表现不佳，绩效工资只发放了1000元，导致实际发放工资为4000元，此时仲裁机构可能会认可合同中的工资构成约定，认定月工资标准仍为5000元（但实际发放的绩效工资部分会根据实际情况调整）。
   • 注意事项：然而，这种以合同约定为准的情况需要用人单位提供充分的证据证明实际发放的工资与合同约定的差异是合理且合法的。如果用人单位无法提供有效证据，或者差异明显不合理（如实际发放工资远低于当地最低工资标准），则仲裁机构仍会以实际发放的工资数额作为认定标准。

3. 综合判断的情况

   • 考虑因素：在劳动仲裁中，仲裁机构会综合考虑合同约定、实际发放情况、用人单位的规章制度、劳动者的实际工作表现等多种因素来认定工资数额。例如，如果合同约定了工资调整机制，但用人单位未按照约定进行调整，或者调整不合理，仲裁机构可能会根据实际情况对工资数额进行适当调整。
   • 建议：对于劳动者而言，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成、支付方式、调整机制等方面的约定。同时，在日常工作中应注意保留相关证据（如银行流水、工资条、考勤记录等），以便在发生劳动争议时能够维护自己的合法权益。对于用人单位而言，应严格按照合同约定和国家规定向劳动者支付工资，避免出现拖欠、克扣工资等违法行为。

总结与建议：在劳动仲裁中，工资认定是一个复杂且需要综合考虑多种因素的问题。如果你面临此类问题，建议首先收集并整理好相关证据（如劳动合同、银行流水、工资条等），然后根据实际情况向劳动仲裁机构提出合理的诉求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。