结论：公司制定漏打卡、迟到卡就罚款的制度是否违反《劳动合同法》，需分情况讨论，关键在于罚款的合法性、合理性及程序正当性。以下从法律角度展开分析：

1. 罚款的合法性基础

根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位无权自行设定罚款制度，除非符合以下条件之一：

• 法定罚款：如员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
• 规章制度合法：若公司通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定规章制度，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，可作为管理依据。但“罚款”本身不属于法律允许的处罚方式，公司更倾向于通过“绩效扣分”“警告”等间接方式管理。

结论：直接以“漏打卡”“迟到”为由罚款，缺乏明确法律依据，可能被认定为违法。

2. 罚款的合理性边界

即使规章制度经民主程序制定，罚款仍需满足合理性原则：

• 比例原则：罚款金额应与违规行为的严重程度相当。例如，迟到5分钟罚款500元可能被认定为显失公平。
• 程序正当：公司需在规章制度中明确罚款规则（如次数、金额、申诉途径），并提前告知员工。若未公示或员工不知情，制度可能无效。

结论：若罚款金额过高或程序不透明，即使制度存在，也可能因不合理被撤销。

3. 替代性管理措施

为避免法律风险，公司可采取以下合法方式管理考勤：

• 绩效挂钩：将考勤与绩效奖金、晋升机会等挂钩，而非直接罚款。
• 扣减加班费或调休：对迟到员工，可按实际迟到时间扣减加班费或调休，但需符合工资支付规定。
• 警告或解除合同：对严重违反考勤制度（如长期旷工）的员工，可依据《劳动合同法》第39条解除合同，但需证据充分。

结论：合法的管理方式应侧重“激励”而非“惩罚”，且需以书面制度为前提。

4. 员工维权建议

若公司违法罚款，员工可采取以下措施：

• 协商解决：与公司沟通，要求退还罚款并修正制度。
• 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉，要求查处违法行为。
• 申请仲裁：若公司拒不改正，可申请劳动仲裁，主张返还罚款并赔偿损失。

总结：公司直接以“漏打卡”“迟到”为由罚款，大概率违反《劳动合同法》。建议公司通过民主程序制定合法、合理的规章制度，并采用绩效挂钩等间接方式管理考勤；员工若遭遇违法罚款，应积极维权。如有具体案例或制度文本，可进一步分析细节。