上班打卡迟到扣钱，公司是否违法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、合法情形

1. 公司规章制度明确且合理：

   • 如果公司在员工手册或劳动合同中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款行为是合法的。
   • 扣款金额应合理，通常不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，公司每月因迟到扣款最多不应超过1000元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 扣款用于弥补损失：

   • 如果因员工迟到给公司造成了实际经济损失（如生产延误、客户流失等），公司有权要求员工赔偿部分或全部损失。此时，扣款可以视为一种合理的经济处罚措施，但同样需要确保扣款金额与损失相当，且不影响员工的正常生活。

二、违法情形

1. 未经法定程序制定规章制度：

   • 如果公司的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力，公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为。

2. 扣款金额不合理：

   • 如前所述，扣款金额应合理，不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣款金额过高，可能构成对劳动者合法权益的侵害。例如，若员工月工资为3000元，公司每月因迟到扣款超过600元，或者扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则可能违法。

3. 以迟到为由恶意克扣工资：

   • 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。

三、劳动者权益保护

• 如果劳动者认为公司迟到扣钱的行为侵犯了自己的合法权益，首先可以尝试与公司进行协商解决。
• 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自身权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明公司的扣款行为违法。

总结来说，公司上班打卡迟到扣钱是否违法，关键在于公司是否有合法的规章制度以及扣除的金额是否合理。只有在满足这些条件的情况下，公司的扣款行为才可能被视为合法。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。