在违法行为消除后，案件的处理方式取决于具体的违法情形和案件进展阶段，一般可能是终止调查，也可能是销案，以下为详细分析：
一、终止调查
定义与适用情形：
- 终止调查通常指的是在调查过程中，由于出现了某些法定情形，导致调查机关认为继续调查已无必要或无法进行，从而决定停止调查的行为。
- 在行政违法案件中，如果违法行为已经消除，且没有继续调查的必要（例如，违法行为已经得到纠正，没有造成严重后果，或者违法行为人已经主动改正等），调查机关可能会决定终止调查。
法律依据与程序：
- 终止调查的决定通常基于调查机关对案件事实的全面审查和对法律规定的准确理解。
- 调查机关在作出终止调查决定时，应当遵循法定程序，确保决定的合法性和公正性。这可能包括通知当事人、听取当事人陈述和申辩、制作终止调查决定书等步骤。
二、销案
定义与适用情形：
- 销案则是指调查机关在立案后，经过调查发现案件不符合立案条件或者已经失去继续调查的意义，从而决定撤销案件的行为。
- 在行政违法案件中，如果违法行为已经消除，且该行为原本就不构成违法或者情节显著轻微不构成犯罪，调查机关可能会决定销案。此外，如果案件已经超过法定追诉时效期限，或者违法行为人已经死亡且没有继续追究的必要，调查机关也可能选择销案。
法律依据与程序：
- 销案的决定同样需要基于调查机关对案件事实的全面审查和对法律规定的准确理解。
- 调查机关在作出销案决定时，也应当遵循法定程序，确保决定的合法性和公正性。这可能包括制作销案决定书、通知当事人、告知当事人有权申请复议或提起诉讼等步骤。
三、实际操作中的考虑因素
案件性质与情节：
- 调查机关在决定是终止调查还是销案时，会综合考虑案件的性质、情节以及社会危害程度等因素。如果案件性质严重、情节恶劣或者社会危害程度较大，即使违法行为已经消除，调查机关也可能选择继续调查以查明事实真相并依法处理。
当事人权益保护：
- 在作出终止调查或销案决定时，调查机关还会充分考虑当事人的合法权益保护问题。如果终止调查或销案可能损害当事人的合法权益（例如，导致当事人无法获得应有的赔偿或救济等），调查机关可能会选择继续调查或者采取其他措施以保障当事人的权益。
总结来看，违法行为消除后是终止调查还是销案并没有一个固定的答案，而是需要根据案件的具体情况、法律规定以及调查机关的判断来决定。如果您面临类似的问题或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。