违法主体注销了，并不意味着案件调查都应终止。这一问题的答案取决于违法主体的性质、注销的原因以及案件调查的具体情况。以下从几个角度进行详细分析：

1. 违法主体为法人或其他组织的情况：

   • 当违法主体为法人或其他组织，且该组织因解散、被撤销、被宣告破产等原因注销时，其法律责任并不因此而完全消失。根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，法人或其他组织终止后，其权利义务承受者（如清算组织、股东、出资人等）可能需要承担相应的法律责任。
   • 在案件调查中，如果违法主体的注销不影响对违法事实的认定和法律责任的追究，调查机关可以继续进行调查，并依法将法律责任追究至相关责任主体。

2. 违法主体为自然人的情况：

   • 如果违法主体是自然人，且该自然人死亡或注销户籍（如因移民等原因），案件调查可能会受到一定影响。但即便如此，如果违法事实清楚、证据确凿，且存在继承法律关系或其他相关法律关系，调查机关仍可能继续调查，并依法处理相关遗产或追究其他相关责任人的责任。
   • 在某些特殊情况下，如自然人死亡后其违法行为涉及公共利益或社会秩序，调查机关也可能继续调查以维护公共利益和社会秩序。

3. 案件调查的独立性和连续性：

   • 案件调查具有独立性和连续性，不受违法主体注销等外部因素的影响。调查机关有权根据法律规定和案件需要，独立开展调查工作，并依法作出处理决定。
   • 即便违法主体注销，调查机关仍可以依法收集证据、查明事实、认定责任，并依法对相关责任主体进行处理。

4. 实际操作中的考虑因素：

   • 在实际操作中，调查机关会综合考虑违法主体的注销原因、案件性质、证据情况等因素，来决定是否继续调查。如果违法主体的注销导致关键证据灭失或无法获取，且没有其他替代证据，调查机关可能会考虑终止调查。
   • 但如果调查机关认为继续调查有助于查明事实、维护公共利益或社会秩序，且存在可行的调查手段和方法，那么调查机关通常会继续调查。

建议：

• 对于涉及违法主体注销的案件调查，建议调查机关在依法开展调查的同时，充分考虑违法主体的性质、注销原因以及案件调查的具体情况，确保调查工作的合法性和有效性。
• 如果您是案件的相关当事人或利害关系人，对案件调查有疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和法律规定，为您提供专业的法律意见和建议。