针对您提出的“行政处罚案件的主体在立案调查过程中注销了该怎么处理”的问题，这是一个涉及行政处罚程序及法律主体资格变化的特殊情况，需要细致分析并遵循法定程序来处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律背景与原则
在行政处罚过程中，若被处罚的主体（如企业、个体工商户等）在立案调查期间注销，这直接影响了行政处罚的合法性与可执行性。根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，行政处罚必须针对具有法律主体资格的对象进行。因此，当主体注销后，原定的行政处罚程序需要相应调整。
二、处理步骤与建议
确认注销事实：
- 首先，行政机关需要核实被处罚主体确实已经注销，这通常可以通过查询工商登记信息、税务登记信息或相关注销公告来确认。
评估案件情况：
- 分析注销对案件的影响，包括是否还有继续处罚的必要、是否可能涉及其他责任主体（如注销前的股东、法定代表人等）的连带责任。
- 若注销前存在违法行为，且该行为与注销后的法律后果无直接关联（如违法行为未造成公共利益损害或未涉及刑事责任），则可能需考虑终止处罚程序。
考虑法律继承与责任转移：
- 若注销主体在注销前存在未了结的债务或法律责任，根据相关法律法规，这些责任可能由其继承人、股东或清算组织承担。
- 在行政处罚领域，若注销主体的违法行为导致公共利益受损，行政机关可依法追究相关责任人的法律责任，尽管直接处罚对象已不存在。
制作撤销或终止报告：
- 类似于一般撤销案件的流程，行政机关应制作详细的报告，说明因主体注销而需撤销或终止处罚的理由、法律依据及建议措施。
- 报告应附相关证明材料，如注销证明、案件调查记录等。
层级审批与决定：
- 报告需经过内部层级审批，确保决策的合法性与合理性。
- 审批通过后，制作正式的决定书，明确撤销或终止处罚的决定，并载明原立案编号、撤销或终止依据及处理结果。
后续处理与归档：
- 若决定撤销处罚，应解除可能已采取的查封、扣押等强制措施，并返还相关财物。
- 将案件材料整理归档，以备后续查询或审计。
三、注意事项
- 及时性与效率：发现主体注销后，行政机关应迅速启动评估与处理程序，避免案件久拖不决。
- 法律适用准确性：在处理过程中，应准确适用相关法律法规，确保决策的合法性与正当性。
- 权利保障：在撤销或终止处罚前，应充分听取相关当事人的意见，必要时可组织听证，确保程序公正。
- 监督与问责：对在处理过程中存在故意隐瞒事实、滥用职权等行为的责任人，应依法追究其责任。
综上所述，当行政处罚案件的主体在立案调查过程中注销时，行政机关应依据法律法规，结合案件实际情况，采取恰当的处理措施，确保行政处罚的合法性与有效性。