若在行政处罚过程中发现公司主体已经注销，行政机关通常无法直接对已注销的公司作出行政处罚，但可根据具体情况采取以下措施：

1. 终止处罚程序并结案
   根据《行政处罚法》及相关规定，行政处罚的对象需具备行政法律责任能力。若公司已依法完成注销登记，其主体资格已消灭，行政机关应终止处罚程序并结案。此时需注意：

   • 注销程序的合法性审查：若公司注销程序存在瑕疵（如未依法清算、虚假清算等），行政机关可向市场监管部门提出撤销注销登记的建议，恢复公司主体资格后再行处罚。
     
   • 证据固定：行政机关应留存公司注销的相关证据（如注销公告、清算报告等），以备后续法律程序使用。

2. 追究相关责任人的法律责任
   若公司注销是为了逃避行政处罚，且存在恶意注销、未依法清算等情形，行政机关可依据《公司法》及相关司法解释，追究公司股东、董事、清算义务人等责任人的法律责任：

   • 股东责任：若股东未依法履行清算义务，导致公司财产贬值、流失或无法清算，行政机关可要求股东在造成损失范围内承担赔偿责任。
     
   • 直接责任人责任：若公司直接负责的主管人员或其他直接责任人员存在故意或重大过失，行政机关可依法对其个人作出行政处罚（如罚款、没收违法所得等）。
     
   • 刑事责任：若公司注销行为涉嫌犯罪（如妨害清算罪、隐匿、故意销毁会计凭证罪等），行政机关应将案件移送司法机关追究刑事责任。

3. 申请法院强制执行（若涉及未履行义务）
   若公司在注销前已收到行政处罚决定书但未履行（如未缴纳罚款），行政机关可依据《行政强制法》向法院申请强制执行：

   • 执行对象：法院可裁定执行公司股东、发起人或出资人在未缴出资范围内的责任，或执行公司清算组未分配的剩余财产。
     
   • 执行程序：行政机关需提供公司注销的相关证据及未履行义务的证明，法院审查后依法裁定是否执行。

建议：若您遇到此类情况，建议立即收集公司注销的相关证据（如注销公告、清算报告、股东决议等），并咨询专业律师评估责任主体及法律程序。行政机关在处理此类案件时需严格遵循法定程序，确保处罚对象适格，避免因主体错误导致行政行为被撤销或确认违法。如有进一步疑问，可直接向我咨询。