结论：上班迟到扣20元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度角度
- 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，且该条款的制定程序合法（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），内容不违反法律、行政法规及政策规定，不显失公平，那么公司依据规章制度对迟到员工扣款20元是合法的。
- 违法情形：若公司规章制度中未规定迟到扣款，或者规定的内容违法（如扣款金额过高，超出合理范围），或者制定程序不合法，那么公司以此为由扣款则可能构成违法。
扣款金额合理性角度
- 合法情形：即使公司规章制度中有迟到扣款的规定，扣款金额也需合理。一般来说，扣款金额应与员工迟到的时长、对公司造成的损失等因素相匹配。如果扣款20元在合理范围内，且能够起到一定的警示作用，那么这种扣款是合法的。
- 违法情形：如果扣款金额过高，明显超出了合理范围，甚至超过了员工因迟到可能给公司造成的损失，那么这种扣款可能被视为对员工权益的侵害，是违法的。例如，员工仅迟到几分钟，却扣款20元，且该扣款远超过了员工因此可能损失的工资或给公司造成的实际损失，这种情况下扣款可能不合法。
法律法规角度
- 直接规定：目前，我国并没有直接的法律法规规定迟到扣款的具体金额或方式。但是，根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，即使公司要扣款，也需遵循这一程序。
- 间接限制：虽然法律法规没有直接规定迟到扣款，但规定了用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司以迟到为由扣款，且扣款后员工的工资低于当地最低工资标准，或者扣款行为缺乏合理依据，那么这种扣款可能被视为克扣工资，是违法的。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的迟到扣款规定不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，要求公司出示相关的规章制度依据，并解释扣款的合理性。如果沟通无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司而言，在制定迟到扣款规定时，应确保规定的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并明确扣款的具体标准和范围。同时，公司也应考虑员工的实际情况和感受，避免因为扣款而引发不必要的劳动纠纷。
可能后果：
- 如果公司的迟到扣款规定被认定为违法或不合理，那么公司可能需要退还已扣的款项，并可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的败诉风险。
- 如果员工因为迟到扣款问题与公司发生纠纷，可能会影响双方的关系和工作氛围，甚至可能导致员工离职等不利后果。