因迟到被扣20万工资，这一做法通常是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律角度
工资扣除的合法性原则：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这意味着，即使员工因迟到给公司造成了损失，公司也不能无限制地扣除工资。扣除的金额需要受到上述规定的限制。
迟到与工资扣除的直接关联性：
- 迟到通常被视为一种轻微的违纪行为，它并不直接等同于给公司造成了经济损失。除非公司能够证明迟到行为直接导致了具体的经济损失（如因迟到而错过的业务机会、合同违约等），并且这种损失是可量化的，否则公司不能仅凭迟到就扣除大量工资。
- 在实际操作中，公司很难证明迟到行为直接导致了20万的经济损失。因此，因迟到而扣除20万工资的做法，在法律上缺乏直接依据。
工资扣除的合理性审查：
- 即使公司能够证明迟到行为导致了经济损失，并且这种损失是可量化的，公司扣除工资的金额也需要经过合理性审查。扣除20万工资对于大多数员工来说，显然是一个不合理的金额，它远远超过了员工当月工资的20%，也远远超过了当地月最低工资标准。
实际操作角度
公司规章制度的合法性：
- 公司规章制度中关于工资扣除的规定，必须符合法律法规的要求。如果公司规章制度中规定了因迟到可以扣除大量工资，但这种规定违反了法律法规的强制性规定，那么这种规定是无效的。
- 员工有权拒绝执行违反法律法规的公司规章制度。
劳动争议的解决途径：
- 如果员工认为公司扣除工资的行为不合法，可以通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
- 在劳动争议解决过程中，员工需要提供相关证据来证明公司扣除工资的行为不合法，如工资条、公司规章制度、迟到记录等。
建议
与公司沟通：
- 如果员工因迟到被公司扣除了大量工资，首先可以尝试与公司进行沟通，了解公司扣除工资的具体原因和依据。
- 在沟通过程中，员工可以提出自己的异议和理由，要求公司重新考虑扣除工资的决定。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果，员工可以寻求法律帮助，咨询专业律师（如我）的意见，了解自己的权益和维权途径。
- 在必要时，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
总结来说，因迟到被扣20万工资的做法通常是不合法的。公司扣除工资的金额需要受到法律法规的限制，并且需要经过合理性审查。如果员工认为公司扣除工资的行为不合法，可以通过与公司沟通、寻求法律帮助等途径来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。