结论前置：根据您描述的情况，您有权拒绝签署仅补偿1000元的协议，并可以依法要求公司支付经济补偿金。具体分析如下：

一、经济补偿金的法定标准

根据《劳动合同法》第四十七条规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算：

• 每满1年支付1个月工资；
• 6个月以上不满1年的，按1年计算；
• 不满6个月的，支付半个月工资。

计算公式：
经济补偿金 = 工作年限 × 月工资
（月工资指劳动合同解除前12个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入）

以您的情况为例：
若您月工资为5000元，工作3年应得补偿金为：
3 × 5000 = 15,000元
公司仅补偿1000元，远低于法定标准，协议内容显失公平。

二、协议效力与法律风险

1. 协议需双方自愿
   若公司以“不签就辞退”等胁迫手段迫使您签署，或协议内容显失公平（如补偿金低于法定标准），您可依据《民法典》第一百五十一条主张协议可撤销，并要求公司按法定标准支付补偿金。

2. 未签署协议的后果
   若您拒绝签署，公司仍需按法定标准支付补偿金。若公司违法解除劳动合同（如无合法理由），您还可主张赔偿金（经济补偿金的2倍）。

三、行动建议

1. 核查协议内容
   仔细阅读协议条款，确认是否存在“放弃追偿权”等霸王条款。若协议未明确放弃法定权利，您仍可主张差额补偿。

2. 收集证据
   保留劳动合同、工资条、工作年限证明（如社保记录、考勤记录）等材料，以备仲裁或诉讼使用。

3. 协商或仲裁

   • 协商：与公司沟通，要求按法定标准支付补偿金。
     
   • 仲裁：若协商无果，可在1年内向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张经济补偿金及可能的赔偿金。

四、特殊情形提示

若公司存在以下情形，您可主张更高补偿：

• 未提前30日通知解除：可额外主张1个月工资作为代通知金（需符合《劳动合同法》第四十条情形）。
  
• 违法解除：如公司无合法理由辞退，您可主张赔偿金（经济补偿金的2倍）。

总结：公司提出的1000元补偿远低于法定标准，您有权拒绝并依法维权。建议优先与公司协商，若协商无果，及时申请劳动仲裁以保障权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。