学校直接从老师工资中扣款偿还贷款的行为，一般是不合法的，但具体情况需结合贷款性质、合同约定及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同与工资支付的角度
工资支付原则：根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有法定或约定的情形，否则学校无权直接从老师工资中扣款。
扣款合法性：若学校未经老师同意，擅自扣款用于偿还贷款，这很可能构成违法扣款。老师有权要求学校返还被扣款项，并可能依据相关法律法规要求学校承担赔偿责任。
二、从贷款性质与合同约定的角度
贷款性质：如果贷款是学校以自身名义申请的，与老师个人无关，那么学校无权要求老师承担还款责任，更无权从老师工资中扣款。
合同约定：如果贷款是老师个人申请的，但学校作为担保人或共同借款人，并在相关合同中明确约定了学校有权在特定情况下从老师工资中扣款用于偿还贷款，那么这种扣款行为在合同约定的范围内可能是合法的。但即便如此，学校也需确保扣款行为符合法律法规的规定，如提前通知老师、确保扣款金额合理等。
三、从法律救济的角度
协商解决：如果老师认为学校的扣款行为不合法，首先可以尝试与学校进行协商，要求学校停止扣款并返还已扣款项。
投诉举报：如果协商无果，老师可以向当地劳动监察部门投诉举报学校的违法行为，要求劳动监察部门介入调查并处理。
法律诉讼：如果投诉举报仍未解决问题，老师还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼，要求学校承担违法扣款的法律责任。
四、特殊情况说明
建议：如果老师遇到学校扣款偿还贷款的情况，首先应查看自己的劳动合同及与学校签订的相关协议，了解是否有关于扣款偿还贷款的约定。如果没有约定或约定不明确，老师可以拒绝学校的扣款要求，并通过协商、投诉举报或法律诉讼等方式维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。