关于教师考勤扣款是否合法的问题，这主要取决于具体的扣款原因、扣款方式以及是否符合相关法律法规和学校规章制度。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这意味着，除非有明确的法律法规或劳动合同约定，否则用人单位（包括学校）不得随意克扣员工的工资。
二、学校规章制度
对于教师而言，其考勤和工资扣款通常受到学校规章制度的约束。以德州市第九中学明德校区的教师管理制度为例，该制度明确规定了考勤原则、考勤制度、请假程序以及重要工作期间请假制度等。在这些制度中，确实存在因请假或违反考勤规定而扣款的情况，但这种扣款通常是有明确依据和合理性的。
请假扣款：如制度中提到的，在重要工作期间请假，每天会扣款100元。这种扣款通常是为了确保学校重要工作的顺利进行，对请假教师的一种经济约束。但这种扣款应当是在教师明确知晓并同意的情况下进行的，且扣款金额应当合理。
违反考勤规定扣款：对于迟到、早退、旷工等违反考勤规定的行为，学校可能会根据规章制度进行扣款。这种扣款同样应当有明确的依据和合理的标准，且不得违反法律法规的规定。
三、合法性判断
有合理依据的扣款：如果学校的考勤扣款制度是在法律法规的框架内制定的，且教师明确知晓并同意该制度，那么因请假或违反考勤规定而进行的扣款通常是合法的。
无合理依据的扣款：如果学校在没有明确依据或合理理由的情况下随意扣款，或者扣款金额过高、方式不当，那么这种扣款就是违法的。教师有权要求学校提供合理的解释，并对扣款的理由进行说明。如果学校不能提供合理的解释或理由不充分，教师可以通过合法途径维护自己的权益。
四、维权途径
如果教师认为学校的考勤扣款行为违法或不合理，可以采取以下途径进行维权：
与学校沟通：首先可以尝试与学校相关部门或领导进行沟通，询问扣款的原因，并要求提供合理的解释。如果学校能够解释清楚原因，并且符合规章制度和法律法规的规定，那么问题可能可以得到解决。
提交申诉：如果与学校沟通无果，教师可以向学校上级主管部门或相关监管机构提交申诉，要求重新审核考勤记录和扣款情况，并给出合理的解释和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果申诉仍未解决问题，教师可以在法定时效内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，教师考勤扣款是否合法取决于具体的扣款原因、扣款方式以及是否符合相关法律法规和学校规章制度。如果教师认为学校的扣款行为违法或不合理，应当通过合法途径进行维权。