您好，关于您提出的“班主任费被扣是否合法”的问题，这实际上涉及到了教育收费的合规性问题，而不仅仅是班主任费本身。不过，从您的提问中，我推测您可能更关心的是班主任或学校是否存在违规收费的情况。下面我将结合相关法规和实际案例，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，任何未经批准或违反规定的收费行为都是不合法的。根据《江苏省教育乱收费党纪政纪处分的暂行规定》以及其他相关法律法规，学校和教育工作者必须严格遵守教育收费管理规定，不得擅自设立收费项目、扩大收费范围或提高收费标准。
接下来，我为您分析一个具体的案例，这个案例与您提到的情境有一定的相似性，虽然不是直接关于“班主任费”，但涉及到了班主任违规收费的问题：
案例概述： 有家长举报柘城县第一高级中学某班主任老师违规乱收费，具体为该老师以班级名义通知学生统一使用并按时缴费某学习服务，但未提供教体局备案或许可文件，且收费仅以班级名义推进，无学校正式发文。家长认为这违反了教育部违规收费治理通知中“严禁变相强制付费”的规定，并涉嫌存在利益关联。
处理结果： 经教体局核实，该班主任老师确实存在上述违规行为。学校积极与相关服务负责人协商，现已将涉及学生全部办理了退费手续。同时，该班主任老师因纪律意识淡薄、考虑问题不全面，被学校给予全校通报批评的处理，并责令写出深刻检讨。
结合案例分析：
违规收费的认定：在该案例中，班主任老师未经批准，擅自以班级名义通知学生缴费使用某学习服务，这明显违反了教育收费管理规定，属于违规收费行为。
处理措施的合法性：学校根据教体局的核实结果，对违规收费的班主任老师进行了全校通报批评，并责令其写出深刻检讨。这一处理措施是合法的，也是必要的，旨在维护教育收费的秩序和学生的合法权益。
对您的启示：如果您或您身边的人遇到类似的情况，即班主任或学校存在违规收费的行为，您可以向当地教育行政部门进行举报。教育行政部门会依法进行调查处理，并保护举报人的合法权益。
针对您问题的直接回答：
最后，我希望您能够了解并维护自己的合法权益，如果遇到任何违规收费的情况，不要犹豫，及时向相关部门反映。同时，也希望学校和教育工作者能够严格遵守教育收费管理规定，共同营造一个公平、公正、透明的教育环境。