用人单位仅以劳动者工作不满两个月为由扣除其工资，通常是违法的。以下是从不同角度进行的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保护了劳动者的工资报酬权，用人单位必须按时足额支付工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令。
特殊情况分析
尽管一般情况下扣工资是不合法的，但也存在一些特殊情况，用人单位可能因特定原因扣除部分工资，但这些情况都有严格的限制和条件：
经济损失赔偿：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需遵循以下原则：
试用期规定：如果劳动者处于试用期内，且劳动合同中有相关约定，但试用期解除劳动合同并不意味着用人单位可以随意克扣工资。劳动者在试用期内提前通知用人单位解除劳动合同的，用人单位应当结清工资。
应对措施
面对用人单位以工作不满两个月为由扣除工资的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理，保护劳动者的合法权益。
提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。
总结与建议
综上所述，用人单位仅以劳动者工作不满两个月为由扣除工资，通常是违法的。劳动者在遭遇此类情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。建议劳动者在入职时与用人单位明确工资支付方式和条件，并保留好相关证据，如劳动合同、工资条等，以便在发生纠纷时能够有力地维护自己的权益。
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