工伤劳动仲裁确认劳动关系三个月，并不意味着停薪留职期（通常指停工留薪期）也只算三个月。以下是对这一问题的详细分析：
停工留薪期的确定原则：
- 停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。这个期间的长度并不是由劳动仲裁确认劳动关系的时间来决定的，而是根据工伤职工的伤情严重程度和康复情况，由劳动能力鉴定委员会进行评定，或者由医疗机构出具证明，并经工伤保险经办机构确认。
停工留薪期的一般规定：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。因此，停工留薪期的具体长度需要依据实际情况和医疗机构的证明来确定，而不是简单地与劳动仲裁确认劳动关系的时间相挂钩。
劳动仲裁确认劳动关系与停工留薪期的关系：
- 劳动仲裁确认劳动关系是解决工伤赔偿等问题的前提，但它并不直接决定停工留薪期的长度。停工留薪期的确定需要综合考虑工伤职工的伤情、治疗情况、康复进度等多个因素。
实际操作中的建议：
- 如果工伤职工对停工留薪期的长度有疑问或争议，可以首先与用人单位进行协商。如果协商不成，可以向当地的劳动能力鉴定委员会申请评定停工留薪期。在评定过程中，应提供充分的医疗证明和伤情报告，以便劳动能力鉴定委员会能够准确评估停工留薪期的长度。
总结来说，工伤劳动仲裁确认劳动关系三个月，并不直接决定停工留薪期的长度。停工留薪期的确定需要依据工伤职工的伤情、治疗情况、康复进度等多个因素，并由劳动能力鉴定委员会进行评定或医疗机构出具证明。因此，如果工伤职工对停工留薪期有疑问或争议，应及时咨询专业律师或相关机构，以便维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。