工伤期间只发三个月停工留薪期工资，并声称后期由劳动鉴定评判停工留薪期是否合理，这一做法不能简单判定为合理或不合理，需根据具体情况来分析。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、停工留薪期的确定原则
根据《工伤保险条例》的规定，停工留薪期是指职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期限。这个期限一般根据医疗机构的诊断证明和劳动能力鉴定委员会的确认来确定，通常不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
二、不同情况下的合理性分析
合法且合理情形：
- 如果职工的工伤伤情较轻，经过医疗机构的诊断和劳动能力鉴定委员会的确认，其停工留薪期确实只有三个月，那么单位只发放三个月停工留薪期工资是合法且合理的。
- 例如，职工因手部轻度擦伤或扭伤等轻微工伤，经过短期治疗和恢复后即可重返工作岗位，这种情况下停工留薪期较短是合理的。
可能不合理情形：
- 如果职工的工伤伤情较重，需要较长时间的医疗和恢复，但单位未经医疗机构诊断或劳动能力鉴定委员会确认，就自行决定只发放三个月停工留薪期工资，并声称后期由劳动鉴定评判，这种做法可能不合理。
- 因为停工留薪期的确定应当基于医疗机构的诊断和劳动能力鉴定委员会的确认，而不是单位的单方面决定。如果单位未按照法定程序确定停工留薪期，就可能侵犯职工的合法权益。
后续评判的合理性：
- 如果单位在职工受伤初期，基于初步诊断和伤情评估，暂时确定了一个较短的停工留薪期（如三个月），并明确告知职工后续将根据劳动能力鉴定结果进行调整，这种做法在一定程度上是合理的。
- 但关键在于，单位必须在后续及时组织劳动能力鉴定，并根据鉴定结果调整停工留薪期和工资待遇。如果单位拖延或拒绝组织鉴定，或者鉴定后仍不调整待遇，就可能构成违法行为。
三、职工的权益保障措施
如果职工认为单位在停工留薪期的确定和工资待遇支付方面存在不合理或违法行为，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 与单位协商：首先尝试与单位进行沟通协商，明确表达自己的诉求和理由，争取达成共识。
- 申请劳动能力鉴定：如果单位未组织劳动能力鉴定或职工对鉴定结果有异议，可以向当地劳动能力鉴定委员会申请重新鉴定。
- 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉举报单位的违法行为，请求其介入调查并纠正。
- 申请劳动仲裁：如果协商和投诉举报均无果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，工伤期间只发三个月停工留薪期工资并声称后期由劳动鉴定评判是否合理，取决于多个因素包括工伤伤情的严重程度、医疗机构的诊断、劳动能力鉴定委员会的确认以及单位的后续行为等。职工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施来维护这些权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。