当公司拒绝工伤认定申请时，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
一、明确工伤认定条件与准备材料
首先，劳动者需要明确自己是否符合工伤认定的条件。根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤主要指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者患有与工作有关的职业病等情形。若符合这些条件，劳动者应准备以下材料以支持工伤认定申请：
- 工伤认定申请表：详细填写事故发生的时间、地点、原因及职工伤害程度。
- 劳动关系证明材料：包括劳动合同文本复印件、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明劳动关系存在。若公司拒绝提供，劳动者可通过劳动仲裁确认劳动关系，提交工作证、考勤记录、工资发放记录、同事证言等相关证据。
- 医疗机构诊断证明材料：提供受伤后的医疗诊断证明书或职业病诊断证明书（或鉴定书）。
二、自行申请工伤认定
若公司拒绝配合申请工伤认定，劳动者可在事故发生之日起一年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请流程如下：
- 提交申请材料：将准备好的工伤认定申请表、劳动关系证明材料、医疗机构诊断证明材料等提交至社保行政部门。
- 等待审核与受理：社保行政部门将在15日内审核材料，决定是否受理；材料不完整的，将要求补正。
- 调查核实与决定：受理后，社保行政部门将根据需要可进行调查核实，相关单位和个人应配合提供必要信息。社保行政部门将在60日内作出工伤认定决定，特殊情况可延长30日；对事实清楚、权利义务明确的申请，15日内即可作出决定。
三、应对可能遇到的问题
公司拒绝提供材料或阻止证人作证：
- 劳动者可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门将调查并采取相应措施保护劳动者权益，包括责令改正、行政处罚等。
对工伤认定结论不服：
- 如对工伤认定决定不服，劳动者可在知道具体行政行为之日起60日内申请行政复议，或在6个月内提起行政诉讼。
四、后续权益保障
工伤认定成功后的权益：
- 劳动者可根据伤残等级享受相应的工伤保险待遇。若用人单位未缴纳工伤保险，则由其承担工伤赔偿责任。拒绝支付赔偿的，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼维权。
- 劳动仲裁的申请时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。对仲裁裁决不服的，可在收到裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
了解公司不报工伤的后果：
- 经济负担：公司需自行承担原本应由工伤保险基金支出的费用。
- 法律处罚：劳动保障行政机关可对公司进行罚款、勒令改正等行政处罚。
- 赔偿责任：因未依法履行义务给员工造成损害的，公司需承担相应的赔偿责任。
- 声誉损失：不报工伤还可能影响公司声誉，动摇员工信心，引发劳资矛盾。
五、重要提示
- 在整个过程中，保持冷静并积极收集证据是关键。劳动者应确保收集并妥善保存所有与工伤相关的证据材料，以便在需要时提供支持。
- 寻求专业律师的帮助可以更有效地保护劳动者的合法权益，特别是在面对复杂的法律程序时。不过，作为谢超燕律师，我会为你提供专业的法律咨询和代理服务，你可以直接向我咨询。
面对公司拒绝工伤认定申请的情况，劳动者应明确工伤认定的条件和所需材料，按照法定程序申请工伤认定，并在必要时采取后续救济措施。在整个过程中，保持法律意识，积极维护自身权益，是每位劳动者应有的态度。