在刑事案件中，负责人的回避决定主体根据负责人的身份和职责不同而有所区别。以下是对这一问题的详细解答：
审判阶段负责人的回避：
- 一般情形：在审判阶段，如果负责人是审判人员（如审判长、审判员等），其回避应当由法院院长决定。法院院长在审查回避申请时，会综合考虑回避申请的理由、案件性质、影响等因素，作出是否批准回避的决定。
- 特殊情形：当法院院长担任审判长并需要回避时，其回避由本院审判委员会决定。审判委员会作为法院内部的最高决策机构，负责审查并作出是否回避的决定，以确保审判的公正性和客观性。
检察阶段负责人的回避：
- 在检察阶段，如果负责人是检察人员（如检察长、检察员等），其回避由检察长决定。但如果是检察长本人需要回避，则其回避由同级人民检察院检察委员会决定。检察委员会作为人民检察院内部的决策机构，负责审查并作出是否回避的决定，以维护检察工作的公正性和独立性。
侦查阶段负责人的回避：
- 在侦查阶段，如果负责人是侦查人员（如公安机关负责人、侦查员等），其回避一般由公安机关负责人决定。但如果是公安机关负责人本人需要回避，则其回避由同级人民检察院检察委员会决定。这一安排确保了侦查活动的合法性和公正性，避免了因侦查人员个人因素导致的侦查偏差。
回避情形：
无论在哪个阶段，负责人需要回避的情形主要包括以下几种：
- 是本案的当事人或者是当事人的近亲属；
- 本人或者其近亲属和本案有利害关系；
- 担任过本案的证人、鉴定人、辩护人、诉讼代理人；
- 与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的。
回避申请与决定流程：
- 负责人如认为自己与案件存在利害关系，应主动向相关部门提出回避申请。
- 当事人及其法定代理人如发现负责人存在应回避的情形，也有权向相关部门提出回避申请。申请可以口头或书面形式提出，并需详细说明回避理由。
- 回避申请提出后，相关部门应及时进行审查并作出决定。在审判阶段，这一决定通常由法院院长或审判委员会作出；在检察阶段，由检察长或检察委员会决定；在侦查阶段，由公安机关负责人或同级人民检察院检察委员会决定。
法律后果：
回避决定一经作出，即产生法律效力，必须履行。被决定回避的人员不得再参与本案的任何侦查、起诉或审判活动，以确保案件的公正处理。如果当事人或其法定代理人对驳回申请回避的决定不服，可以申请复议一次，以保障其合法权益和司法公正。
综上所述，刑事案件中负责人的回避决定主体根据负责人的身份和职责不同而有所区别。在申请回避时，应明确回避的情形和申请流程，以确保案件的公正处理。如果您在刑事案件中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。