在刑事案件中，书记员的回避由法院院长决定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三十二条的规定：“本章关于回避的规定适用于书记员、翻译人员和鉴定人。”这一条款明确指出了书记员在回避问题上的法律适用，即与审判人员、检察人员、侦查人员一样，需要遵循回避的相关规定。同时，虽然该条款未直接说明书记员回避的决定主体，但结合审判人员回避由法院院长决定的规定，可以合理推断出书记员的回避也应由法院院长决定。此外，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第三十六条也间接支持了这一点，它规定了对于法庭书记员、翻译人员和鉴定人的回避问题，参照适用审判人员回避的相关规定。
二、决定主体及程序
决定主体：
- 书记员的回避，由负责审理案件的人民法院的院长决定。这是基于审判人员回避决定权的规定，以及书记员作为审判活动辅助人员的身份而得出的结论。
申请与审查：
- 当事人及其法定代理人认为书记员存在可能影响公正审判的情形时，可以向法院提出回避申请。
- 法院收到回避申请后，会进行审查，并根据具体情况决定是否支持回避申请。审查过程中，法院会考虑申请回避的理由是否充分、是否存在利害关系等可能影响公正审判的因素。
决定与执行：
- 如果法院院长认为书记员确实存在需要回避的情形，会作出回避决定，并安排其他合适的人员担任书记员。
- 如果法院院长认为书记员不存在需要回避的情形，会驳回回避申请，并继续由原书记员履行职责。在回避决定作出前，被申请回避的书记员通常不得停止对案件的辅助工作，以确保诉讼程序的连续性和稳定性。
三、特殊情况处理
- 在某些特殊情况下，如刑事侦查工作的紧迫性和特殊性，为防止延误侦查工作，规定在侦查人员的回避决定作出前，侦查人员不能停止对案件的侦查。这一原则同样适用于书记员在侦查阶段的辅助工作。然而，在审判阶段，一旦法院院长作出回避决定，被决定回避的书记员应当立即退出案件的审理工作。
四、法律后果与复议
- 回避决定一旦作出，被决定回避的人员应当立即退出案件的审理或侦查等工作，不得再参与该案的相关活动。这是为了确保程序公正和避免潜在的不当影响。
- 如果当事人及其法定代理人对驳回申请回避的决定不服，可以在接到决定时申请复议一次。复议期间，除非有特别规定，否则不停止对相关案件的审理或侦查，以保障诉讼效率。
综上所述，在刑事案件中，书记员的回避由法院院长决定。这一制度旨在确保诉讼的公正性和效率，防止因利害关系影响案件公正处理。如果您在刑事案件中遇到书记员回避的问题，或者有任何其他法律疑问，可以直接向我咨询。