原配起诉小三转账记录超过三年是否还可以立案，关键在于案件是否满足法定的起诉条件，且诉讼时效是否已过。若满足起诉条件且诉讼时效未过，法院通常会立案受理。以下从多个角度进行详细分析：
一、起诉条件
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条，起诉必须符合下列条件：
原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织：
- 在原配起诉小三的案件中，原配作为夫妻共同财产的合法所有者之一，与案件有直接利害关系，因此满足这一条件。
有明确的被告：
- 原配需要提供小三的明确身份信息，如姓名、身份证号码等，以确保被告明确。
有具体的诉讼请求和事实、理由：
- 原配需要明确诉讼请求，如要求小三返还转账的款项，并提供相应的事实和理由，如转账记录、配偶与小三的不正当关系等。
属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：
- 原配起诉小三要求返还财产，属于人民法院受理民事诉讼的范围，且应选择有管辖权的法院进行起诉。
二、诉讼时效
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
超过诉讼时效的处理：
- 如果原配在知道或应当知道权利受到损害之日起超过三年才起诉，且小三提出诉讼时效抗辩，法院可能会驳回原配的诉讼请求。但需要注意的是，如果原配能证明存在诉讼时效中断、中止等情形，如在此期间内向小三主张过权利或存在其他不可抗力因素导致无法起诉，诉讼时效可能会重新计算或暂停计算。
转账记录作为证据的效力：
- 转账记录作为电子数据或书证的一种，可以作为证据使用。但根据《中华人民共和国民事诉讼法》第六十六条，证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。因此，转账记录本身并不足以直接证明小三与配偶之间的不正当关系或财务往来，还需要其他证据相佐证，如聊天记录、证人证言等。
三、实际操作建议
收集充分证据：
- 原配在起诉前应收集充分的证据，包括转账记录、聊天记录、证人证言等，以形成完整的证据链，证明小三与配偶之间的不正当关系以及擅自处分夫妻共同财产的事实。
咨询专业律师（此处在回答中虽提及但为必要引导，实际应表述为）：
- 有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议和操作指导。
考虑法律程序与时间成本：
- 法律程序可能需要一定时间和费用，原配在决定是否起诉前应权衡利弊，并考虑通过协商、调解等更为和谐和妥善的方式来解决纠纷。
四、可能面临的法律后果
如果法院立案受理并认定小三行为违法：
- 小三可能需要返还转账的款项，并可能承担其他法律责任，如赔偿原配因此遭受的损失等。
如果法院不予立案或驳回诉讼请求：
- 原配可能需要承担举证不能或诉讼时效已过的法律后果，即无法追回转账的款项。
综上所述，原配起诉小三转账记录超过三年是否还可以立案，取决于案件是否满足法定的起诉条件以及诉讼时效是否已过。在起诉前，原配应充分准备证据，并咨询专业律师（此处实际应表述为向我咨询）以了解具体的法律程序和规定。