针对您提出的“公司规定不能在厕所抽烟然后罚款是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，公司为了维护工作环境和员工健康，制定禁止抽烟的规定是完全合理的。吸烟不仅对个人健康有害，还可能对周围的同事造成不良影响，比如二手烟的危害。因此，从维护公共利益和职场环境的角度出发，这样的禁烟规定具有正当性。

然而，当涉及到公司对违规抽烟的员工进行罚款时，情况就有所不同了。在法律上，公司并不具备行政处罚权。罚款作为一种行政处罚措施，只能由具备行政处罚权的行政机关等特定主体依法实施。因此，公司单纯依据内部规定对员工进行罚款，在法律层面是缺乏依据的。

如果公司想要对违规抽烟的员工采取某种形式的惩戒，应当选择合法且合理的方式，比如给予警告、扣除部分绩效或者采取其他行政手段，而不是直接罚款。这样的惩戒方式既能够维护公司的规章制度，又不会侵犯员工的合法权益。

另外，公司在制定禁烟规定时，如果遵循了法定程序，比如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并进行了公示或告知员工，那么该规定在公司内部管理上具有一定的效力。但这种效力并不等同于赋予公司罚款的权力。即使公司有工会，并且工会同意了包含罚款条款的禁烟规定，这也不能直接使罚款行为合法化，因为工会的同意并不能改变公司不具备行政处罚权的事实。

最后，如果员工因抽烟被公司罚款，首先应与公司进行沟通，指出罚款行为缺乏法律依据，并要求公司退还罚款。如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司改正不当行为。员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自身的合法权益。

综上所述，公司制定禁烟规定是合理的，但无权直接对员工进行罚款。员工应自觉遵守公司的禁烟规定，共同营造一个良好的工作环境。如果因抽烟被罚款，应采取适当的措施来维护自己的合法权益。