结论前置：自离三天扣工资是否合法，需结合具体情况判断，并非一概而论地合法或不合法。
一、合法扣工资的情况
规章制度明确且合法：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了员工自离需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定）并向员工公示（如通过公告栏、电子邮件、内部系统等方式告知全体员工），那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且扣除工资需有合理依据，不能仅因员工自离就随意扣除。
造成实际损失：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际经济损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失、客户流失等，用人单位有权要求员工赔偿。这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
二、不合法扣工资的情况
规章制度不明确或违法：
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工自离需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。
未造成实际损失或扣除不合理：
- 如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除（如扣除金额超过当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准），那么用人单位的扣工资行为是不合法的。
三、法律风险与后果
劳动纠纷风险增加：
- 用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。
损害企业声誉：
- 不规范的用工管理会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。
四、维权途径
如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：
协商：
投诉：
- 若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
仲裁与诉讼：
- 如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
五、其他注意事项
无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。
示例说明：
假设某员工月工资为5000元，因自离给公司造成了1000元的实际损失。公司规章制度明确规定了自离需扣除一定工资作为赔偿，且该制度已向员工公示。在此情况下，公司每月最多可扣除该员工工资的20%，即1000元（5000元 * 20%）。若扣除1000元后，剩余工资为4000元，高于当地月最低工资标准，则这种扣除是合法的。但如果公司扣除的金额超过1000元，或扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣除是不合法的。
综上所述，自离三天扣工资是否合法，需根据具体情况判断。劳动者和用人单位在处理此类问题时，都应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。