结论：针对公司通过两家公司发放工资且未缴纳个人所得税的情况申请劳动仲裁，您可以从以下角度准备和主张权利，我将分步骤为您详细说明。
一、明确仲裁请求的核心方向
劳动仲裁的核心是解决您与用人单位之间的劳动权益争议，而“分两家公司发工资”和“未缴个税”涉及两个法律关系：
- 劳动关系认定（确定您与哪家公司存在实际劳动关系）；
- 工资支付合规性（公司是否足额支付工资、是否履行代扣代缴个税义务）。
建议：在仲裁请求中，优先主张与您实际提供劳动的公司之间的劳动关系，并要求其补发工资、支付经济补偿（如有），同时可向税务部门举报未缴个税问题（税务问题不属劳动仲裁范围，但可作为辅助证据）。
二、分情况处理“分两家公司发工资”
情况1：两家公司存在关联关系（如母子公司、集团内部调岗）
若两家公司实际控制人相同、财务混同或您被安排交替为两家公司工作，可能被认定为“关联企业混同用工”。此时：
- 劳动关系认定：仲裁委可能结合劳动合同、工资发放记录、考勤记录、工作安排等证据，认定您与其中一家公司存在劳动关系，或要求两家公司承担连带责任（即任一公司均需对您负责）。
- 工资主张：您可要求实际用工单位（或两家公司连带）支付全部未足额发放的工资（包括通过另一家公司发放的部分），并主张加班费、未休年假工资等（如有）。
证据准备：
- 劳动合同（与哪家公司签订）；
- 工资流水（显示两家公司分别发放的金额及时间）；
- 工作证、考勤记录、工作邮件/聊天记录（证明实际为哪家公司工作）；
- 两家公司的工商登记信息（证明关联关系，如股东重叠、高管交叉任职等）。
情况2：两家公司无关联关系（如劳务派遣、临时借用）
若您被一家公司派遣至另一家公司工作，或两家公司独立用工但工资分开发放：
- 劳动关系认定：以劳动合同签订主体为准。若未签合同，需结合实际用工管理情况（如谁安排工作、谁考核、谁发工资）确定劳动关系。
- 工资主张：若劳动关系在A公司，但B公司代发部分工资，您可要求A公司补足工资差额；若两家公司均未足额支付，可能需分别主张（但需证明两家公司均对您有用工义务）。
证据准备：
- 劳动合同（明确用工主体）；
- 工资流水（标注哪家公司发放、金额及用途）；
- 用工单位的工作安排通知、考核记录等。
三、关于“未缴纳个人所得税”的处理
劳动仲裁层面：
- 个税缴纳是公司的法定义务（代扣代缴），但未缴个税本身不直接属于劳动仲裁受理范围（仲裁委主要处理劳动权益争议，如工资、社保、解除合同等）。
- 间接影响：若公司未缴个税导致您实际到手工资低于约定工资（如合同写月薪1万，但公司通过分开发放、不报税等方式实际只发8千），您可主张公司补足工资差额（以“未足额支付劳动报酬”为由申请仲裁）。
税务举报层面：
- 您可向当地税务局举报公司未履行代扣代缴义务（需提供工资流水、公司发放记录等证据）。
- 税务局查实后，会要求公司补缴税款及滞纳金，并可能对公司罚款；但此举不影响您通过劳动仲裁主张工资权利。
四、操作建议
先固定证据：
- 整理所有工资流水（标注发放公司、金额、时间）；
- 收集劳动合同、工作证、考勤记录、工作沟通记录等；
- 查询两家公司的工商信息（国家企业信用信息公示系统可查）。
确定仲裁对象：
- 根据证据优先选择与您实际用工关系最密切的公司作为被申请人；
- 若两家公司混同用工，可同时列为被申请人并主张连带责任。
明确仲裁请求：
- 示例：“请求裁决被申请人支付202X年X月至202X年X月工资差额XX元（扣除已发部分后未足额支付的部分）”；
- 若涉及解除合同，可增加“请求裁决被申请人支付经济补偿XX元”。
同步处理税务问题：
- 在申请仲裁后，向税务局举报未缴个税（可匿名举报，但提供证据更有利于查处）。
最后提醒：劳动仲裁的时效为1年（自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算），建议尽快行动。若对证据整理或仲裁流程有疑问，可随时向我咨询具体细节。